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顕微鏡パラメーター


顕微鏡パラメーターは、画像および取得した光学条件を説明するものです。結像(Image Formation)を十分に説明するために重要なものは、以下の通りです:

Huygens 3.5 以降の全ての顕微鏡パラメーターは、それらの全てに共通する幾何学的なものだけを除外して、チャネルごとに設定されます。

包括的な画像取得の幾何学的なパラメーター

X、Y および Z のサンプルサイズ(Sample Sizes)
カバーガラス位置(Coverslip Position)

チャネルごとのパラメーター


3.5 バージョン以降、これらのパラメーターは、以下も利用可能です。
(理論の計算を改善します Theoretical Psf):


バージョン 4.2 から始まって、STED のデコンボリューションは、STED オプションSTED optionで可能です、そして、それは、以下の追加パラメーターをアクティブにします:



アルゴリズムも画像取得深度 Acquisition Depthを考慮します。

適切にデコンボリューションを行う Doing Deconvolution には、画像は、これらのパラメーターによって、正確に記述されなければなりません。理論点像分布関数 Point Spread Functionを計算するために特に必要です。

値が赤色の背景で表示される場合は、非常に疑わしいです (例えば、指定された屈折率Refractive Index は、その開口数Numerical Apertureと矛盾しているためか, または画像がアンダーサンプリング undersampledであるため)。オレンジ色の背景は、最適でない状況を示します。

オーバーサンプリングOverSampling もシアンの背景で示され、とてもひどい時に紫色になります。
これらのパラメーターは、デコンボリューション処理時に Doing Deconvolution調整すべきではありません、単純に実際の画像取得条件を記述する必要があります。アンダーサンプリング UnderSampling についての警告メッセージを受け取る場合に、例えば、それらを回避するためにこれらのパラメーターを変更する事で何も得られません。 そうすることによって、さらに悪い復元結果を生み出します。Huygens ソフトウエア Huygens Softwareでは、デコンボリューションを調整するパラメーターは、復元パラメーターです|Restoration Parameters]。

パラメーターテンプレート


顕微鏡パラメーターは、後で再利用するためにパラメーターテンプレート Parameter Templates に保存することができます。

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Essential では

Huygens Essential ウイザード Huygens Essential wizard に従っている場合に、以下のステップを参照してください: 顕微鏡パラメーターをチェックしますCheck Microscopic Parameters.

Ch0 および Ch1 という名前のチャネルで、2- チャネル画像 Two Channel の顕微鏡パラメーターの標準的な例:

x-y サンプルサイズ Sample Size (nm): 50
z サンプルサイズ Sample Size (nm): 150
顕微鏡タイプMicroscope Type: コンフォーカル顕微鏡Confocal Microscope
開口数Numerical Aperture: 1.0
ピンホール半径Pinhole Radius (nm): 250 (Ch0) 275 (Ch1)
対物レンズ屈折率Lens Refractive Index: 1.515 (Oil)
媒質屈折率Medium Refractive Index: 1.45
励起波長Excitation Wavelength (nm): 488 (Ch0) 543 (Ch1)
蛍光波長Emission Wavelength (nm): 519 (Ch0) 562 (Ch1)
励起フォトン数Excitation Photons: 1

その他の日本語ページは general overview page に記載されているページをご覧ください。

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