Huygensソフトウエアの新機能

ラベルは、特定の製品だけに表示します： E = Huygens Essential, P = Huygens Professional, S = Huygens Scripting, C = Huygens Core, T = Huygens Titan. 指定されない時に、変更は、全ての Huygens ソフトウエアに当てはまります。

14.10 リリース

概要  新しいツール： ギャラリー、タイルビューで画像の全ての断面を観察。  新しい機能： 画像フィーダー、Huygens 用の一種のDropbox。  アップデートしたツール： Hot pixel remover、生画像からホットピクセルを分析して、取り除きます。  新しいツール： Performance tuner、 画像処理に使う Huygens コアの量を調整します。

Huygens 全製品

 CMLE デコンボリューションアルゴリズムおよびいくつかの低いレベルの画像処理アルゴリズムの最適化の性能。  GMLE デコンボリューション： 非常にノイズの多い画像の処理を改善します、特に、STEDおよびコンフォーカルデータ。  デコンボリューションは、適用したバックグラウンド補正でチャネルおよびフレームごとにレポートします。  新しいオリンパスVSIフォーマット用のリーダー。

Huygens Titan

 Titan は、非常に大きな LIF ファイルを開ける時に、緩やかな基準を使用しています。　全ての LIF ファイルは、Titan は、直接、LIF ファイルの構造を知っているので、初期インデックス時に開かれます。  Titan は、非常に大きな画像に追加された ‘placeholder’ 画像を初期インデックス時に、開きません。　これは、現在のメモリーの制限がサムネイルの生成を可能にできない時でさえ、直接、ユーザーは、サムネイルを生成するために Titan を強制することができます。  Titan のシリーズを検出する方法を強化。　Titanは、現在、大幅に操作性とパフォーマンスが向上し、さらに多くのシリーズを検出できます。  コンテナフォーマットのインデックスを改善。　Titanは、現在、サブ画像の画像サイズを検出しようとします。　このことは、Titan が自動的にインデックスするサブ画像の数が非常に増えます。

Huygens Professional

 スティッチャー：  自動ケラレ補正の追加。  総合性能およびメモリー使用量の改善。  タイルの LIF サブ画像の方向を修正。

Huygens Essential

 LAS X ソフトウエアでアクティブなインポート／エキスポートオプション。

マイナーチェンジ

(All)　タイルの OME-TIFF ファイルのサポートの追加。 (All)　このオプションが意味する事をより正確に記述するために subBrick を VarPsf と改名。 (All)　‘genPsfExpl’ コマンドの STED のサチュレーション係数のデフォルト値を 40 から 30 へ変更。 (E/P) オプションの ’Save as HDF5’　をデコンボリューションウイザードサムネイルから取り除く。 (E/P) デコンボリューションウイザードで、Twin Slicer 初期設定をロードしませんが、デフォルトの物を代わりに使用。 (P) スティッチャーウィザードで、Twin Slicer 初期設定をロードしませんが、デフォルトの物を代わりに使用。

バグ修正

(All)　ライセンスメカニズム：　特別なフラグの無いストリングライセンスは、認識されなかった。 (All)　LSMファイルリーダー：　蛍光波長は、ローパスとショートパスフィルターを正確に推定されませんでした。 (E/P/C)　Batch processor と HuCore jobs：　サンプリング距離がテンプレートから正確にロードされなかった、代わりにメタデータ値を使用しました。 (P/S/C) ICS ファイルライター： 意図したようにデータ圧縮ができなかった。 (E/P) Batch processor：　選択されたサブ画像が処理されませんでした。　代わりに、同じデータセットからの違うサブ画像を解析しました。 (E/P) Stabilizer： Object Analyzer 用のライセンスチェックは不必要でした。 (E/P) Stabilizer： 異常値スライダーは、意図したように動作しなかった。 (E/P) Colocalization Analyzer：　Huygens は、ツールの起動に失敗する事がありました。 (E/P) SFP renderer：　シーンのアスペクト比と視点は、画像形状に応じて間違っている可能性がありました。 (E/P) サムネイル：　Tracker 用のライセンスチェックは、代わりに違うオプションでチェックしました。 (E/P) PSF Distiller ：　最後のワークフローステージに到達する前にツールを閉じる時に、エラーを引き起こす可能性がありました。 (P)　Stitcher：　平坦な視野の画像の正規化に失敗する可能性がありました。 (P) Stitcher：　モザイクの角が少し丸みを帯びすぎて見える可能性がありました。 (T) 高度な検索で画像名の代わりにファイル名で検索しました。 (T) 正確にロードされなかった非常に大きなメタデータフィールドの画像のバグを修正しました。 (T) 高度の検索で機能しないパスの検索のバグを修正しました。 (T) 注釈コメントフィールドのサイズを増加しました。 (T) 高度な検索タブで ’Find in library tree’ を選択する時に、Titan が正しいデレクトリーへ移動しないエラーを修正しました。

14.06　リリース

　概要  新製品　Huygens Titan  Huygens Professional 用の新しいスティッチングオプション  新しいデコンボリューションアルゴリズム：　GMLE  新しい Sub brick wise デコンボリューション

すべての Huygens 製品

PSFの形状変更を処理するための新しい方法 屈折率のミスマッチで球面収差に悩まされる PSF の形状は、標本の深さに依存します。　このことは、前に画像をそれぞれそれら自身の PSF で ‘bricks’ に分割する事により解決されました。　効率的であるけれども、このことは、固定するアーティファクトを回避することを困難にする可能性があります。　　新しい ’sub-brick’ 方法で、全てのデコンボリューションの心臓部であるコンボリューション操作を基本にした速いフーリエ変換（FFT）は、それぞれ異なる PSF で複数の FFT で置き換えられます。　この新しいテクニックは、CMLE、QMLE と新しい GMLE デコンボリューションアルゴリズムで利用可能です。 GMLE GMLE は、Good の粗さの正規化の最大事後確率推定に基づいています。　私どもの主力製品のCMLE アルゴリズムに関連しますが、QMLE アルゴリズムのような高速収束があります。　新たに開発された sub-brick スキームを使って、brick-wise 処理に頼らずに PSF の形状変化を処理できます。　GMLE は、デフォルトで STED データに利用可能です。　他のイメージングのデコンボリューションウイザードで GMLE を使用するために、’Expert mode’ をオンにする必要があります。

新製品 Huygens Titan

 全てのあなたの顕微鏡画像をインデックスします。　Titan は、場所の索引者です；　ファイルを集中データベースにアップロードおよび変換する必要はありません、画像およびデータベースは、パーソナルコンピューターにあります。  オフラインインデックス： 外部ハードデスクを検索して、それらを切断します。　インデックス付き画像を開きたい場合に、Titan は、画像が保存されている外部ハードデスクに知らせます。  テキスト付きタグ画像およびプロジェクトにそれらをグループ化します。  メタデータやアノテーションに関して、画像データベースを検索します。  Lightbox 画像ビュアーを使って 5D 画像を素早く調べます。  デコンボリューションおよび解析のために Huygens Essential や Huygens Professional で直接画像を開きます。

Huygens Professional – スティッチングオプション

 新しく完全に自動化したスティッチングオプション  シーン部分を構成時に、ステッチされたシーンをデコンボリューション処理をできます。  ケラレおよびシェーディング補正は、平坦な視野参照を提供することが可能です。  タイルオフセットに関する情報を含む CZI および LIF ファイルフォーマットをサポートします。

他のフォーマットのサポートは、進行中です。

(E/P/C) バッチ処理

 新しい ‘Autocrop’ オプションは、バッチモードで画像の控えめな切り取りをすることができます。

マイナーチェンジ

 (All)　2 つのレベルの入れ子構成の Lif ファイルをサポートします。  (All)　Lif ファイルで操作する時に、’preOpen’ コマンドは、より情報を返します。  (E/P) STEDパラメーターは、STED ライセンスが存在しない場合にも表示されます。  (E/P) デコンボリューションウイザードの結果で、OS のファイルマネージャーにより対応する ”:” を ”_” に置き換えます。  (E/P) LSM-specific ダイアログに LSM 780 を追加します。  (All) データセットが光渦 STED とあまりにも異なる場合に、STED Z Stabilitation（UI オプションではありませんが）をスキップします。  (All) STED Z stabilizationの出力を最小限にします。  (E/P) Z drift stage（DeconvolutionWizard）で、’Skip’ および ‘Correct’ ボタンの順番を変更します。  HRM 3.1で必要とされる STED パラメーターのレポート形式を追加します。  (E/P) Chromatic Shiftのヘルプ、ダイアログおよびレポートで、テキストに適応します。（Batch Processorのみ）  (All)　‘huOpt getFormatInfo’ は、ND2 ファイルフォーマットを含みます。  (E/P) パラメーター “Objectsize” は、SFP renderer で、”Penetration Depth” と改名されました。  (All) Mac OSX インストラー用の新しいインストラーは、Aqua ツールキットに依存する使用しないバイナリーを取り除きます。

バグ修正

 (All)　圧縮して保存は、ターゲットフォーマット ics/ids をスキップされました。  (E/P)　 STED3D が存在しなかった古いテンプレートをロードする時に、STED 3D パラメーターの間違ったインポートを修正。　0% であるべきなのに、デフォルト値は、100% に間違って設定されました  (E/P) 　Optical タブの STED パラメーターを報告。  (All) STED デコンボリューションプラス測定 PSF によって生成された空の結果を修正。  MBF バイオサイエンスの顧客によって提供された画像を Huygens によりもたらされた Y 座標の不要なフリップを修正：　’Stereo Investigator’ および ‘Neurolucida’。  Huygens 初期設定がstitcher 入力を含んでいた時に、表示できなかったアイコンセレクターを修正。  (E/P/C) バッチプロセッサーが　STED 3D データセットプラス Stabilization で停止することを起こす ’huOpt’ コマンドのバグを修正。  (E/P)　フリーウエアーモードで MIP エントリーを（間違って）グレーアウトされたサムネイルメニューを修正。  (All)　RGB24 と RGB48 タイプの読み取りに失敗した ZVI リーダーの修正。  (All)　STED デコンボリューションでメモリーリークを修正。（Sub brick モード）  (All)　STED タイムシリーズの適切および不適切な stabilization を修正。（stabilizer ツールおよび ”stabilize” コマンド）  (All)　NA > R.I.（レンズ） の時に起こる STED デコンボリューションエラーを修正。  (E/P) Twin Slicer のタイムスウィングを修正。  (All)　Backprojected pinhole radiusでの間違った計算（係数 2）を修正。（LIF データのみ）  (E/P) ライセンスがSTED プラス Leica の機能を含んでいる時に、多くの命令が隠された Batch Processor において報告されている問題を修正。  (All)　LIF リーダーでのメモリーリークの修正。  (E/P) デコンボリューションウイザードは、特定のルート（めったに使われない）でミスした ’Done button’ を修正。  (E/P) ユーザーが ”Customized Render Size” を選択するもカスタマイズされたサイズが提供されなかった時に起こる MIP render のバグを修正。  (E/P) Parameter エディターで、間違ったバックグラウンドの色を修正。（Windows　Vista 及び以降）  (E/P) 対応するサムネイルでデコンボリューション結果を表示しなかった Brickモードを修正。（Windows および TCL Shell オペレーションのみ）  (All)　OME ファイルを開く時に、‘unspecified“ 顕微鏡タイプを修正。  (E/P) デコンボリューションテンプレートエディターのタイムアウト問題を修正。　値は、全てのチャネルで適切に保存されなかった。  (E/P) Colocarization Analyzer の対象物解析結果が保存されなかったエラーを修正。

以前のリリース情報は、What’s New Archiveを参照してください。

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