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惠更斯 Huygens 显微图像去卷积 、多维可视化

及高级分析软件


惠更斯 Huygens 软件优化你的显微镜图像

惠更斯 Huygens 软件是荷兰公司 Scientific Volume Imaging (SVI) 为高端显微镜技术、学术研究而研发出的软件。惠更斯 Huygens 软件的功能配合尖端的学术发展,例如:细胞生物学、神经科学及更多使用到高端显微镜技术的相关科目,目的是准确地​​提高显微图像的品质,使图像的分析结果更精确。惠更斯 Huygens 软件有 Huygens EssentialProfessional 作显微图像去卷积、修复处理及分析; 而 Core/ Floating licenses 提供多用户同时批量去卷积功能。
如果您已经是 Huygens 软件的用户或对 Huygens 的更新有兴趣,请看 Huygens 更新 (中文)。以下是 Huygens 软件的简介及本公司对中国客户的支持。如果您想知道更多 Huygens 的功能,欢迎联系我们,我们乐意为您提供惠更斯 Huygens 软件的介绍。
惠更斯 Huygens 软件简介 Huygens2017 Chinese
  • Huygens Essential 提供基本去卷积、校正、可视化及分折。使用步骤是以导航式的介面,方便使用,而且图像优化结果准确、去卷积后结果可以量化、测量及比较。
  • Huygens Professional 提供从入门到高级专业的去卷积、校正、可视化及分析。除了导航式介面及基本版 (Essential) 具备的功能外,用户可使用电脑语言编写功能及更高级的处理视窗,用户享有更大的图像后续处理的弹性与自由度。
  • Huygens Core 是一个网上介面为主,提供多用户同时使用 Huygens 去卷积的软件,Huygens Core 适合大型显微镜平台处理多用户、多图像去卷积,这个软件是利用了 Huygens Remote Manager 的介面,可同时处理上百的同户的数据。
Before (left) and after deconvolution (right) images were merged to display the power of deconvolution.

惠更斯去卷积的效果:准确、可靠,为您的结果带来明显的优化效果!

Experimental point spread functions were generated for the red, green, and blue channels on an epifluorescence microscope and then used to deconvolve a standard Invitrogen Floucells #1 prepared slide, containing bovine pulmonary artery endothelial cells stained for mitochondria (red), F-actin (green), and nuclei (blue). Before (left) and after (right) deconvolution images were merged side by side to display the power of deconvolution.::
::Image created by Dr. Jeff Tucker and Dr. Holly Rutledge from NIEHS, NIH, USA

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活动

Huygens webinar

惠更斯科汇堂将会于今年安排一系列的 webinar ,暂定每月一次。

第一讲 高品质显微图像采集及图像处理入门介绍 - 已经结束,谢谢大家的参加,回放会在线一周 http://cctalk.hujiang.com/v/14890565857355,参加的老师,同学亦将会收到讲座摘要、重点复习的文件,希望讲座为大家提供有用的资讯。


**下一讲座会定在 413 日,时间:19:3020:15 (中国时间),题目会由入门注意事项转换到较深入,专业的超高分辨率显微镜系统 STED,我们将讨论 STED 显微镜系统采图,参数,STED 图像后续处理与 STED PSF 的测量。欢迎联系我们或科汇堂报名,参加者请注明姓名、学校、系所与电子邮件webinar 前会有提醒讯息与 webinar 之后大家亦会收到摘要与复习文件。


STED webinar 报名链接
STED webinar 报名二维码
微讲座报名STED

中国细胞生物学会全国学术大会

地点中国厦门,日期 2017 926 日至 29 日展台 B39



最新的 惠更斯 Huygens 16.10 软件具备的新功能:

AllHuygensLogos

*快速去卷积 Deconvolution Express

一个按键 Deconvolve 自动快速处理,处理的条件将由惠更斯 Huygens 作自动估计,测量,图像会由惠更斯 Huygens 作出智能评估再直接进行去卷积处理,方便快捷但以结果准确作优先条件! 当然传统的 Deconvolution wizard 亦继续为大家作出准确的去卷积处理!

*GPU 显卡将支持更多的惠更斯 Huygens功能,如

  • 背景估计,使去卷积速度更快速
  • 支持 Object stabilizer
  • 色差校正支 Chromatic Aberration Corrector

*光片照明 SPIM

  • 加入了新的光片模式,如: Multi View 'MuVi', Bessel beam, two-photon Bessel beam

*Huygens server 功能支持与徕卡 LAS X 的数据交换


以下是本公司为您提供的工具与详细说明

采像频率的计算 Nyquist Calculator, web , Nyquist App, Android Nyquist Calculator 1.9.6

去卷积是后续计算、处理的过程,这个过程与其他的研究实验一样,需要严谨的处理,也表示输入的数据或图像必须正确并且达到一定的条件,计算才可靠,而决定去卷积结果的关键在于采象频率Nyquist calculator 为您提供一个理想采像频率,这个理想值是一个理论值,是按照您的显微镜系统的设定,例如:系统类别、采像时使用的物镜的 NA ,激发光与发射光的波长...等数据,计算出这个理论值,用户可以在采像前,先把这个参考数据计算出,在采集图像吋,尽可能把您的像素大小调节到与这个理想值一样 (甚至小于),以保证去卷积的结果是良好的。如果实际采象频率太大,去卷积对图像的优化是有限的。
SVI 公司提供在线 Nyquist Calculator 及一个免费的中文 Nyquist app (简/繁体中文),目的是提高用户使用显微镜时对采像频率的认识,从而更有效地使用 Huygens 去卷积功能,如果用户能跟据这个理论值进行采像,您的显微镜系统与 Huygens 去卷积将会发挥到最高效果,图像的分辨率将达到最大的提高。
Nyquist app 中文 (click to open larger view).
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常见问题 FAQ 

客户专用文件上载


惠更斯 Huygens 去卷积支持的系统 

* 宽场成像

* 共聚焦

* 多光子共聚焦

* 转盘共聚焦

* 超高分辨率显微镜 STED3D STED

* 光片照明 SPIM

Huygens 开发了高质量的图像恢复技术,结合最新的计算程序和简单的使用界面,方便使用。Huygens 软件去卷积改善图像的分辨率,有效地除去显微图像中的模糊和噪音,这样使显微图像中隐藏的结构和细节清晰可见。


Huygens Essential's wizard-driven user interface (click to open larger view).


惠更斯 去卷积、图像校正 Chromatic Aberration Corrector, Cross Talk Corrector, Object stabilizer & Stitcher

Huygens 软件采用便捷操作方法进行去卷积,含有多样化的去卷积计算模式图像修复功能(中文),结果准确而且不失真,优化图像的品质。

Deconvolution Express 

  • 一键式快捷而且简单去卷积功能 , 结果准确可靠 , 用于单图处理。

去卷积导航处理 Deconvolution Wizard

  • 单图高级处理,寻找最佳去卷积参数设定。
  • 提供让用户微调参数的可能性,例如 : 运算次数、信噪比、背景测量、图像裁剪与过度曝光的像素警告等 , 使用不同的计算方法,例如:图像信噪比异常低而用户希望使用 GMLE 计算。
  • 用户有多张图像,需要使用自动批量处理的情况,先用 Deconvolution Wizard 测试并调整参数设定 。
  • 产生 Deconvolution Template 去卷积模板,再把模板用于批量处理。

自动批量处理图像 Batch Processor

  • 批处理程序 (Batch Processor) 允许用户以自动简单的方式处理海量数据,根据用户的需要提供各种计算程序并正确处理数据。

图像修复:

  • 对于多维的显微图像的恢复 (包括多通道和时间序列),Huygens 可以简单、有效地处理。在恢复高分辨率显微镜图像的同时,Huygens 软件不但可以矫正球形色差 (Chromatic Aberration) ,而且对一个莹光物质在另一通道做成较暗而非真正的信号Cross Talk,Huygens 也能作出准确的校正;除此以外,Object Stabilizer 校正因载物台的位移或样本因热而作出的移动,使三维图像能准确地把样本展现。 Huygens 更修正多维图像因为激发光而做成的漂白 (Photobleaching),从而优化图像。再者 Stitcher 拼图功能可拼接大量的显微图像,并提供去卷积及暗角校正。

惠更斯 Huygens 支持的文件档案 File fomats

  • Huygens 除了能够直接读取四大显微镜厂商的文件档(徕卡、蔡司、奥林巴斯与尼康)外 ,也支持其他的文件档,详细内容,请参考 File Formats

显卡 GPU 加速去卷积功能 GPU

  • 这个功能是为了庞大的数据而研发的,这个功能利用显卡 GPU 多核的特点而进行加速处理。

Floating licenses

  • 是为了配合显微镜平台、实验室的资源能充分的运用而发展的。加上 Floating licenses 功能的话,Huygens 软件无须固定在一台工作站,用户可随着实验室或系上的资源分布,在研究院、系上的特定 IP 范围内的电脑装上Huygens 软件,这个 IP 范围内的电脑均能运作 Huygens ,而多少用户能同时使用 Huygens 也是由用户决定,实验室的资源能得到最有效的使用。

*如何寻找在实验室电脑的 IP 地址*

    • 到百度输入 IP address 或到 http://www.ip138.com/, IP 地址必须是对外网用的,而且不能变动,如果您的 IP 地址是变动的,请注明范围。

*欢迎试用 Floating Licenses,试用步骤:


分析功能 Huygens Analysis


可视化功能 Huygens Visualization

  • Huygens 软件提供的各种各样的可视化功能帮助用户分析影像中细微的部份。用成对的 Twin Slicer 可将处理结果与原始图像或者影像中不同的部份进行对比。MIP renderer 渲染工具是利用图像中最大亮度的投射,用户可以随意在任何角度观察三维图像。用 SFP 渲染工具可对三维立体图像进行不同角度旋转,从而可在任何角度观测图像,提供可靠、详细的三维数据。表面渲染工具 (Surface renderer) 分析不同数据从而显示出三维图像的表面结构。

客户常用连接 (以下连接是惠更斯 Huygens 客户专用,请登入使用以下连接):


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国内合作伙伴

LEICA Microsystems for Leica microscopes

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欢迎联系联系中国徕卡有关
  • Leica STED/ Confocal SP8/ SP5 with Huygens deconvolution
  • Adding Huygens to your Leica Widefield system
网址 : Leica China. 联系中国徕卡

徕卡员工可以透过这连接安排员工 Demo license 与用户 licenses


Zeiss China

Screenshot From 2017 01 20 16:49:33
卡尔蔡司(上海)管理有限公司
中国(上海)自由贸易试验区美约路60号
Email: info.microscopy.cn at zeiss.com
欢迎联系蔡司中国
http://www.zeiss.com.cn/microscopy/service-support/microscopy-contact.html


Chansn Instrument (China)

Screenshot From 2017 01 23 13:32:44
上海千欣仪器有限公司
上海 南宁路970号 万科中心B座701室
电话: +86 21 64812211
传真: +86 21 64811648
Email: chansn at chansn.com
欢迎联系千欣仪器 : http://www.chansn.com/index.asp


HengQiao Instruments Co., Ltd China/BIOINST Lab Instruments Co., Lid

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南京衡桥仪器有限公司
南京市中山东路300号长发中心A栋7楼A室
电话 : +86 025 8319 4005 , 025 8319 0838, 025 8319 2363
传真 : +86 025 8319 4003
欢迎联系南京衡桥 : http://www.hengqiao.net


System Imaging Co., Ltd.

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北京尚诚世达光电技术有限公司
北京市昌平区西三旗新龙大厦B-1115室
电话: +86 010 6297 7025, 010 6297 7026
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Email: Mr. Alex Zhang ( alex-zhang@system-imaging.com )
欢迎联系北京尚诚世达 : http://www.system-imaging.com