惠更斯 Huygens 軟體
顯微鏡影像去卷積、多維影像視覺化及分析軟體
Huygens 軟體是由荷蘭 Scientific Volume Imaging (SVI) 公司為高端顯微鏡系統而研發的，這個軟體是爲細胞生物學，神經科學以及其他利用顯微鏡技術的學科研究而研發的。 Huygens 軟體用法簡單，而且結果準確、可靠，使您的顯微鏡影像品質、分辨率、訊噪比提高。 Huygens 軟體有 Huygens Essential 、 Huygens Professional ，而 Huygens Localizer 及 Huygens Core 分別提供更高級的顯微影像的處理及多用戶同時批量去卷積功能。
惠更斯去卷積的效果：準確、可靠!
Experimental point spread functions were generated for the red, green, and blue channels on an epifluorescence microscope and then used to deconvolve a standard Invitrogen Floucells #1 prepared slide, containing bovine pulmonary artery endothelial cells stained for mitochondria (red), F-actin (green), and nuclei (blue). Before (left) and after (right) deconvolution images were merged side by side to display the power of deconvolution. Image created by Dr. Jeff Tucker and Dr. Holly Rutledge from NIEHS, NIH, USA.
簡介
Huygens Essential 提供基本去卷積、校正、可視化及分折。使用步驟是以導航式的介面，方便使用，而且影像優化結果準確、去卷積後結果可以量化、測量及比較。
Huygens Professional 提供從入門到高級專業的去卷積、校正、可視化及分析。除了導航式介面及基本版 (Essential) 具備的功能外，用戶可使用電腦語言編寫功能及更高級的處理視窗，用戶享有更大的影像後續處理的彈性與自由度。
Huygens Localizer 支持 2D 與 3D 單分子分辨率定位顯微鏡系統，支持 Photoactivated Localization Microscopy (PALM), Stochastic Optical Reconstruction Microscopy (STORM), Ground State Depletion (GSD) 與 DNA PAINT 數據。
Huygens Core 是一個網上介面為主，提供多用戶同時使用 Huygens 去卷積的軟件，Huygens Core 適合大型顯微鏡平台處理多用戶、多圖像去卷積，這個軟體是利用了Huygens Remote Manager 的介面，可同時處理上百的同戶的數據。
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Huygens 支持的微鏡系系統 Huygens Deconvolution
Huygens 軟件針對顯微系統:
✔ 瑩光顯微鏡系統 Widefield 、
✔ 共軛焦顯微鏡系統 Confocal、
✔ 多光子共軛焦系統 Multiphoton 、
✔ 轉盤共軛焦 Spinning disk 、
✔ 超高分辨率顯微鏡 STED 、 3D STED 及
✔ 光層切片瑩光系統 SPIM 、Deconvolution + Fusion
✔ Array detector Confocal, Airyscan, SPAD 25 and more
✔ Rescan confocal system
✔ Photoactivated Localization Microscopy (PALM), Stochastic Optical Reconstruction Microscopy (STORM), Ground State Depletion (GSD) 與 DNA PAINT
去卷積、圖像校正 Chromatic Aberration Corrector, Cross Talk Corrector, Object stabilizer & Stitcher
Batch Express
✔ 完全自動的 Batch Express 功能 ✔ 替您打開剛採集的圖像，自動對圖像進行去卷積處理與妥善的保存您的結果 ✔ 智能的去卷積功能自動對不同圖像作測量與評估，所以結果準確、可靠 ✔ 介面容許用戶監察處理進度或正在處理中的圖像
Deconvolution Express
✔ 一鍵式快捷而且簡單去卷積功能 , 結果準確可靠 , 用於單圖處理。 ✔ 加上預覽結果視窗與顯卡加速，更方便使用。
去卷積導航處理 Deconvolution Wizard
✔ 單圖高級處理，尋找最佳去卷積參數設定。 ✔ 提供讓用戶微調參數的可能性，例如: 運算次數、信噪比、背景測量、圖像裁剪與過度曝光的像素警告等, 使用不同的計算方法，例如：圖像信噪比異常低而用戶希望使用GMLE 計算。 ✔ 用戶有多張圖像，需要使用自動批量處理的情況，先用 Deconvolution Wizard 測試並調整參數設定 。 ✔ 產生 Deconvolution Template 去卷積模板，再把模板用於批量處理。
自動批量處理圖像 Batch Processor
✔ 批處理程序 (Batch Processor) 允許用戶以自動簡單的方式處理海量數據，根據用戶的需要提供各種計算程序並正確處理數據。 Huygens 軟體採用導航式的便捷操作方法進行去卷積，含有多樣化的去卷積計算模式及影像修復功能，結果準確而且不失真，優化影像的品質。
影像修復:
✔ 對於多維的顯微圖像的恢復 (包括多通道和時間序列)，Huygens 軟體可以簡單、有效地處理 ✔ 矯正球形色差 (Chromatic Aberration) ✔ 對一個瑩光物質在另一通道做成較暗而非真正的訊號 Cross Talk，Huygens 軟體也能作出準確的校正 ✔ Object Stabilizer 校正因載物台的位移或樣本因熱而作出的移動，使三維圖像能準確地把樣本展現 ✔ 修正多維圖像因為激發光而做成的漂白 (Photobleaching)，從而優化圖像 ✔ Stitcher 拼圖功能可拼接大量的顯微圖像，並提供去卷積及暗角校正 任何時候您對處理過程中的結果不滿意,可在每個階段中斷顯微圖像的處理過程並調整相關參數，重新啟動處理過程，繼續處理多熒光通道和時間序列的圖像，Huygens 軟體允許您在每個單獨的熒光通道選擇最佳的結果。為了使用戶的電腦更有效地運算而減輕電腦運行功的負荷，Huygens 軟體使用智能修剪工具沿著四面尺度削減和刪除無關的熒光通道。即使您的電腦系統的內存沒有足夠的空間處理一個整體圖像的時候，Huygens 軟體也可將你的數據分解成若干部分，分別處理後再整和在一起。
Huygens 支持的文件檔案 File fomats
Huygens 除了能夠直接讀取四大顯微鏡廠商的文件檔（Leica LIF, Zeiss CZI, ZVI, LSM, Olympus OIF, VSI 與 Nikon ND2）外 ，也支持其他的文件檔，詳細內容，請參考 File Formats。
分析功能 Image Analysis
Huygens 軟體也具備 分析功能 ，包括：
✔ 共定位分析 Colocalisation 分析，定量分析不同通道的共定位強度值
✔ Object Tracking 追踪一個或多個物體隨著時間的位移
✔ Object Analyzer 是三維分割、測量 統計分析多維圖像的工具，測量個體在圖像中的互相距離及關係。
顯示卡加速去卷積功能 GPU
這個功能是為了龐大的數據、文件而研發的，這個功能利用顯示卡 GPU 多核的特點而進行加速處理。
Floating license Floating licesne
Huygens 軟體為了配合顯微鏡平台、實驗室的資源能充分的運用而發展這個功能。附加上這個功能的話，Huygens 軟體無須固定在一台工作站，用戶可隨著實驗室或系上的資源分佈，在研究院、系上的特定 IP 範圍內的電腦裝上 Huygens 軟體，這個 IP 範圍內的電腦均能運作 Huygens ，而多少用戶能同時使用 Huygens 也能由用戶決定，實驗室的資源能得到最有效的使用率。Floating Licesne 中文簡介
視覺化功能 Visualization
Huygens 軟體提供的各種各樣的視覺化功能幫助用戶分析影像中細微的部份。
用成對的 Twin Slicer 可將處理結果與原始圖像或者影像中不同的部份進行對比。
MIP renderer 渲染工具是利用圖像中最大亮度的投射，用戶可以隨意在任何角度觀察三維圖像。
SFP 渲染工具可對三維立體圖像進行不同角度旋轉，從而可在任何角度觀測圖像，提供可靠、詳細的三維數據。 表面渲染工具 (Surface renderer) 分析不同數據從而顯示出三維圖像的表面結構。
採像頻率的計算 Nyquist rate, Nyquist Calculator
去卷積是後續計算、處理的過程，這個過程與其他的研究實驗一樣，需要嚴謹的處理，也表示輸入的數據或圖像必須正確並且達到一定的條件，計算才可靠，而決定去卷積結果的關鍵在於採象頻率。 Nyquist calculator 為您提供一個理想採像頻率，這個理想值是一個理論值，是按照您的顯微鏡系統的設定，例如：系統類別、採像時使用的物鏡的NA ，激發光與發射光的波長...等數據，計算出這個理論值，用戶可以在採像前，先把這個參考數據計算出，在採集圖像吋，盡可能把您的像素大小調節到與這個理想值一樣（甚至小於) ，以保證去卷積的結果是良好的。如果實際採象頻率太大，去卷積對圖像的優化是有限的。
本公司除了特別為台灣、香港的用户提供繁體中文的 Huygens 介紹，提供去卷積與顯微技術的意見外，更研發了 Nyquist Calculator 及一個免費的中文的 Nyquist app （簡/繁體中文），目的是提高用戶使用顯微鏡時對採像頻率的認識，從而更有效地使用Huygens 去卷積功能，使結果影像的品質能有效地提高。
客戶常用 links (請登入使用)：
- Huygens 軟件的使用 (包含採像時需要注意的重點，採像時常遇到的困難及採像頻率的計算)
- 圖像去卷積修復的介紹
- Huygens 去卷積步驟以及例子說明如何對去卷積參數出微調而達到最好去卷積結果
- 超高分辨率 STED 圖像的去卷積
- 點擴散函數（測量及使用 Huygens PSF distiller ）
- 常見問題
- Huygens 客戶專用文件上載