Background of a 3D image

バックグラウンドは、関心のある対象物に由来していない画像の付加的でほぼ一定のシグナルです。 バックグラウンドは、例えば、検出器の電子オフセットか、または間接光から起こる可能性があります。

イメージングにおける拡張された（そして十分に考慮されていない）仮定は、デジタル顕微鏡が、調製物中の分子の局所密度に直接関連する光の強度レベルを報告するというものです。 1 つのピクセルが 100（単位は問わない）を読み取り、別のピクセルが 25 を読み取る場合、最初のピクセルは、2 番目のピクセルよりも 4 倍の濃度の蛍光体を「含む」と解釈します。 読み取りに影響するオフセット（+ 30 としましょう）があり（例えば、全体が非特異的染色に浸されているため）、強度が 130 と 55 にシフトされている場合、比率 4/1 が失われ、強度が失われます。 解釈が歪んでいます。 それは、画像をデコンボリューションするかどうかに関係なく、混乱を助長するだけかもしれません。。。

一般性

一般に、画像の平均的なバックグラウンドは、（電子）オフセット、散乱光、および特定のラベル付けされた成分からの光で構成されます。 ほとんどの場合、電子機器によって引き起こされるオフセットは、ベースラインまたはブラックレベルとも呼ばれるノイズのないバックグラウンドを生じさせます。 ベースラインは、黒の画像を記録することによって見つけることができます。 他の成分は、典型的なバックグラウンド光レベルではフォトンが強く制限されるため、ポアソンノイズの影響を受けます。

したがって、これらの最後の成分のバックグラウンドへの寄与は、ランダムに散乱した明るいピクセルまたは、均一な暗いバックグラウンド（ベースライン）に対するボクセルで構成されるバックグラウンドノイズとして、記録された画像に現れます。 バックグラウンドは、特定のラベルの付いた成分による褪色効果の影響を受ける可能性があります。 ベースライン成分は、明らかにそうではありません。.

広視野画像またはコンフォーカルタイムシリーズの場合、Huygens ソフトウェアの復元ツールは、自動的に褪色を補正しようとします。 これは、効果的なぼやけ除去に不可欠であるためです（褪色モードを参照）。 ただし、「実際の」画像データに対してブラックレベル成分が大きい場合、自動ブリーチング補正は、失敗します。 （このブラックレベルは、通常、CCD カメラには存在しませんが、電流バイアスが使用される場合があります）。 ソフトウェアが広視野画像のフラックス均等化に不可欠なものであるさまざまなバックグラウンド成分を区別するのは難しいため、さらに処理する前に、ベースラインが存在する場合、ベースラインを差し引くことをお勧めします。 これは、 Adjust baseline ツールか、または Huygens Professional の算術関数を使用して行うことができます。

固有のラベル付けされた成分によるバックグラウンド成分は、一般にかなりノイズが多くなります。Huygens ソフトウェアの復元ツールの助けがなければ、画像の対象物も劣化させずにこのバックグラウンドノイズを除去することは非常に困難です。 幸いなことに、Huygens に含まれるすべての復元ツールは、画像を劣化させることなくノイズの多いバックグラウンドを除去できます。 そのためには、平均蛍光バックグラウンドの値が必要です：つまり、画像の対象物以外の領域の平均バックグラウンドです。

バックグラウンドモード

細胞などの対象物内のバックグラウンドを定義する必要がある場合があります。 対象物のオプションは、その目的で使用できます。広視野画像の場合は、広視野モードをお勧めします。 詳細については、バックグラウンドモードを参照してください。

バックグラウンドパラメータ

Huygens ソフトウェアによるデコンボリューションの実行で使用されるバックグラウンドパラメーターは、自動的に評価されたバックグラウンドレベルに対して、相対的に、絶対項的に確立できます。

相対値（パーセンテージ）を使用してバックグラウンドの評価値を修正することは、一連の画像に同等のバックグラウンド補正を適用するための適切な手順です。 また、すべての場合において、ユーザーは、画像の復元時に、何が起こっているかをコントロールできます： 削除するバックグラウンドとそうでないものを指定するのはユーザーです。

バックグラウンドの評価

Huygens Essential では、バックグラウンドの評価は、デコンボリューション手順の一部です。 評価後、自動値に適用する補正のパーセンテージを指定できます。 例えば、評価値をそのまま受け入れるには、これを 0 に設定し、評価値を 10 % 減らすには、- 10 に設定します。 バックグラウンドの絶対値をマニュアルで変更すると、その変更は、パーセンテージ補正にも反映されます。

Huygens Professional のより複雑な方法については、バックグラウンド評価を参照してください。

Professional および Scripting デコンボリューションコマンド

Huygens Professional および Huygens Scripting では、チャネルごとのバックグラウンドパラメータで定義されたパーセンテージでデコンボリューションを実行する時に、自動的に評価された値を変更できます。