Huygens Core: リモート画像処理用の完全な計算エンジン

Huygens ソフトウェアの一つである Huygens Core は、大規模な 64 ビットマルチプロセッサーサーバーで画像処理およびデコンボリューション機能を実行することを意図した完全な計算エンジンです。それは、それ自身で特定のグラフィカルインターフェースを持っていません。

Huygens Remote Manager, HRMは、Huygens Core へのインターフェースとして機能し、複数のユーザーのバッチ処理を実行できるサーバー用のオープンソースの Web タスクマネージャです。HRM は、オープンソースの OMERO サーバーとの最適なインターフェース接続を備えています。

ここをクリックして、オンラインデモサーバーの HRM / Huygens Coreを試してみましょう。

See Huygens Core in action at the HRM demo site.
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HRM のデモサイトで実行して Huygens Core を確かめてください。


  • Huygens Remote Manager のような大規模な複数のユーザアプリケーションを対象
  • Huygens Professional のすべての処理機能は、Tcl Huygens コマンドを介して利用可能
  • 多くのファイル形式を処理
  • Scientific Image Data Base のような Web ベースのデコンボリューションインターフェース用の計算エンジンとして使用可能
  • デフォルトでは、リモートアクセスを容易にするグラフィカルインターフェースはありませんが、オプションで Tcl シェルを使用可能

Huygens Core は、グラフィカルインターフェースのない完全な計算エンジンなので、遠隔画像処理用に Web アプリケーションに簡単に統合することができます。

注目すべき例は、Montpellier Rio Imaging facility、Friedrich Miescher Institute(FMI、Basel)のAdvanced Imaging and Microscopy 施設およびローザンヌ連邦工科大学のBioImaging and Optics Platformで開発されたオープンソースアプリケーションである Huygens Remote Manager(HRM)です。

HRM は、Huygens Core が複数のユーザーのバッチデコンボリューションを実行するインターフェースとして機能するサーバー用の Web タスクマネージャです。 それが Huygens Core とどのように統合されるかについて以下で詳しく読むことができます。


ダウンロードセクションから Huygens Suite の一部として Huygens Core をダウンロードできます。

同じセクションでは、プログラマーガイドも PDF ファイルで見つけることができますが、このマニュアルは、HTML 版でもオンラインで見つけることができます: Huygens Core Programmer Guide


Huygens Core は、Tcl Huygens 画像処理コマンドの広範なセットを使用して独自のスクリプトを実行できます。Huygens Core 用のスクリプトの作成は、一般的な Tcl スクリプト言語を使用しているので非常に簡単です。これを使用すると、複数の CPU システムか、またはグリッドコンピュータをフルに活用するために多くの並列に画像処理機能を起動するプログラムを構築できます。

自分でプログラムしたくない場合には、HRM のようなカスタマイズ可能なフロントエンドを単に使うだけかもしれません。

Huygens Core command prompt (click to open larger view).
Huygens Core command prompt (click to open larger view).

Huygens Core コマンドプロンプト(クリックすると拡大表示されます)。


Huygens Remote Manager および Huygens Core のよくある質問
HRM is a web interface to Huygens Core and allows you to control the deconvolution queue with any of the supported web browsers. Once it is properly installed in the server, no configuration is necessary for the client apart from a running browser like Firefox.{FAQ}
HRM, on the other hand, has a queuing system intended for multiple users. Different users have their own accounts and put deconvolution jobs in the queue; they will be managed in order (first in, first out). A quota system for improved queue management is currently being implemented, and will be included in HRM 4.0.{FAQ}
The Huygens Remote Manager is an open-source project and is developed by groups using Huygens at the Universities of Montpellier, Basel and Lausanne. Scientific Volume Imaging simply collaborates in its development. There is no possible fee from our side for its usage. Because it is free and open, you can adapt it to any usage you can imagine.
You will indeed need a license to extend the FreeWare capabilities of Huygens Core or other SVI programs and be able to do full deconvolution, independently of whether you use it with HRM or any other means. You are always welcome to apply for a test License String!
HRM: a web interface for Huygens Core.
HRM: a web interface for Huygens Core.

The License Strings for the different Huygens Software products have a tags that specify the number of CPU processors and the capability of the GPU card(s) on which the programs are allowed to run (see License String Details). CPU: Traditionally the machines have been called "desktop" (for up to six processors) and "small", "medium", "large" or "extreme server" (for many processors). In this sense there is no "server module". The term server refers just to a machine category for a license to run, not to extended features of the programs intended for servers. These server options also define the number of GPU cards that can be supported. See also Server option information.
As for the GPU, we have catogorized the NVIDIA GPU cards into different classes that are enable wit a corresponding Huygens option. For more details see GPU cards.

HRM is just an interface to Huygens Core. HRM is free to use, and can save you a lot of time when programming remote-controlled batch deconvolutions. You can also adapt it freely to do not only deconvolution but any other image processing you can imagine: as an interface to the Huygens Compute Engine, many powerful Tcl Huygens commands are available.{FAQ}
All the different products in the Huygens Suite share the same Huygens Compute Engine, therefore the deconvolution results are always the same. The difference between products is mainly in the user interface.
Huygens Scripting can optionally run without a graphical interface. It requires that you program your own scripts and perhaps design your own interface. It is not intended for large scale web-based deconvolution.
{FAQ(question="Installation of HRM seems to be very complex, do you have any tip?")}Once you have a regular web server running (including Apache, PHP and a database like PostgresQL or MySQL) installing HRM is not really difficult. You can find some guidelines based on previous experiences in Hrm Installation and you can always contact SVI for support. Remember that you will also need to install Huygens Core!
The HRM code is currently Unix-oriented, and it is primarily intended to run only in large servers running Linux. It has been tested with success in MacOS X 10.5 after a few adaptations, and it is not difficult to install because OSX comes with most of the necessary server components. It hasn't been tested on Windows but it anyone can try! Because HRM is open source code, everybody can tweak it.

There's an online HRM demo installation supported by SVI, which everyone can use here.

HRM stores usage statistics of all deconvolution jobs sent to HuCore. All the statistics can be exported to a text file, which can be opened in spreadsheet processors.
To retrieve the complete HRM statistics log on to HRM as 'admin' and click on the "global statistics" icon. In the statistics panel, start and end dates can be selected to get the statistics of a particular period of time. Select a research group if you wish to get the statistics of a specific research group, otherwise select "All groups". There are several more options to select a specific statistics type, but in this case you may want to select one of the following:
  • Number of jobs per user.
  • Number of jobs per group.
  • Microscope type.
  • Total run time per user.
  • Total run time per group.


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