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Scientific Volume Imaging B.V.

Scientific Volume Imaging

Deconvolution - Visualization - Analysis



File Formats in Huygens

Huygens Full File Reader で顕微鏡画像とメタデータを読む 



Full File Reader オプションは、Zeiss、Leica、Abberior、Olympus および Nikon などの顕微鏡ベン ダーの独自のファイル形式から画像データとパラメータを読み取ることにより、 Huygens ファイル形式 の互換性を拡張します。 画像メタデータとも呼ばれる顕微鏡パラメータは、Huygens で の（自動化された）デコンボリューションの正確な理論上の PSFを生成するた めに重要であるだけでなく、画像を適切に解析するためにも不可欠です。 例えば、1 つのピクセル（ボ クセル）で対象物のサイズを定義するサンプリング間隔の値は、対象物のサイズと距離の測定 に必要です。

画像を保存し、メタデータが適切に保存されるようにするために、 Huygens は、非常に用途が広い（HDF5 などのような）ことが知られており、 ICS および OME-Tiff を含む Open Microscopy Environment に よって開発され、高く評価されているファイル保存形式をサポートしています。

これらの機能により、Huygens は、ファイルコンバーターとして最適であり、バージョン 20.10 以降では、Workflow Processor を使用してファイルを簡単にバッチ変換することもできます。


 多くのファイル形式のサポート

Huygens ソフトウェアは、さまざまな画像ファイル形式を読み取ることができます。


 顕微鏡ファイル形式

Full File Reader オプションを使用すると、顕微鏡ベンダーのファイル形式を直接開くことができます。


 自動メタデータインポート

Huygens は、顕微鏡パラメータに関する可能な限り多くの情報を自動的に読み取ります。




顕微鏡パラメータのインポート

Huygens は、 ファイルヘッダーからできるだけ多くの顕微鏡パラメータをインポートします。 Huygens 顕微鏡パラメータエディタで顕微鏡パラメータを確認および編集できます。 パラメータがメタデータに 存在しないか、読み取りが困難な場合（メタデータの読み取りの困難を参照）、 Huygens は、 これを明確に可視化します。 各パラメータの前にある色付きの点は、パラメータ値のステータスを示し ます。 緑色の点が表示されている場合はパラメータが正しいことを示し、青色の点が表示されている 場合はほぼ正しいことを示し、オレンジ色の点は情報がメタデータに存在していません。 情報が欠落している場合、Huygens は、デフォルト値を提示します。 すべてのパラメータを確認し、デコンボリュ ーション、ビジュアリゼーション、解析などの画像処理に進む前に、オレンジ色と青色の値を確認する ことをお勧めします。

Selection_211.png
画像説明：
Huygens Essential の顕微鏡パラメータエディタ。

画像シリーズを 1 つの多次元画像として読み込む

多くの場合、多次元（3D-5D およびタイル）画像は、.tiff などの一連の番号付き画像として保存され ます。 Huygens は、このようなシリーズを 1 つのディレクトリ内で 1 つのインデックス付き画像フ ァイルとして読み取ることができます。 Huygens が名前付けのパターンを自動的に検索するシリーズ の最初の画像を選択するだけで、ファイルシリーズツールが開きます。 この File Series Tool 内で、カウンターごとに画像次元のタイプ（Z 断面、チャネル、時間、またはタイル）を定義できます。 Convert Tool を使用して、後で画像のサイズをいつでも変更できます（データセットの変換も参照）。 このファイル形式では、画像解析には些細なメタデータ情報を保存する可能性がないので、tiff シリー ズの使用を避けることをお勧めします。

Huygens Full File Reader で独自のファイル形式を開く



Full File Reader オプションなし




Full File Reader オプションを使用

  • Abberior MSR
  • Abberior OBF
  • Zeiss CZI
  • Zeiss ZVI
  • Zeiss LSM
  • Leica LIF ファイル
    • LAS AF 形式 version 2 および 3
  • Leica LOF
  • Leica XLIF
  • Olympus OIF
  • Olympus VSI
  • Olympus OIR
  • Metamorph STK
  • Metamorph ND （version 1.0 および 2.0）
  • Nikon ND2 (.nd2)
  • Bio Vision IPM (.ipm), IPL (.ipl),IPM (.tif)



Huygens ソフトウェアが保存できるファイル形式




その他

  • (Big)TIFF 8 bit & 16 bit & 3*8 bit RGB - Single, multi-layer or File series (Leica Tiff style numbering scheme)
  • Biorad PIC
  • Imaris Classic version
  • Delta Vision IMSubs (r3d) files
  • AVI
  • Huygens Professional だけ： プレーンテキスト（csv、txt）
  • Huygens Core だけ： JPEG（ウェブアプリケーション用）


推奨されるデータの種類とデータ変換

適切にサポートされ、メタデータを適切に保持し、画像のサイズに関する情報を保持するファイル形式 を使用することを強くお勧めします。 したがって、貴重な画像データを ICS2、 HDF5、または OME Tiff として保存することをお勧めします。 これらの推奨形式およびその他のファイル形式には、8 ビット、 16 ビット、または 32 ビットのデータ型があり、通常は符号なしです。 異なる形式を使用するいくつ かの例外があり、これらは、Huygens ソフトウェアで自動的に変換されます。 例えば、12 ビットの 画像データは、Huygens にロードされると 16 ビットに変換されます。 次の表に、詳細な要約を示し ます。

8 bit Image 16 bit Image 32 bit Image
ics 32 bit
ics 16 bit
ics 8 bit
ics2 32 bit
hdf5 32 bit
tiff 16 bit
tiff 8 bit
tiff-rgb 8 bit
lsm 12 bit
lsm 8 bit
pic 16 bit
pic 8 bit
r3d 32 bit
ims 8 bit
ome 32 bit
zvi 16 bit
stk 16 bit
mrc 32 bit
ipl 16 bit
ipm 8 bit
seq 16 bit
lif 16 bit
lif 8 bit
oif 16 bit
nd2 16 bit

推奨されるフォーマットを使用する場合、データは、ロードされるのと同じ量のビットで保存されます （例: 8 ビットは、8 ビット）。 他のファイル形式は、データの保存に使用するビット数が固定されて いるため、データが失われる可能性があります。 この状況を次の表にまとめます。

hdf5 ics ics2 tiff 8 tiff 16 tiff-rgb imaris biorad 8 biorad 16 ome-xml delta r3d
8 bit Image 8 bit 8 bit 8 bit 8 bit 16 bit 8 bit 8 bit 8 bit - 8 bit 8 bit
16 bit Image 16 bit 16 bit 16 bit 8 bit 16 bit 8 bit 8 bit 8 bit 16 bit 16 bit 16 bit
32 bit Image 32 bit 32 bit 32 bit 8 bit 16 bit 8 bit 8 bit 8 bit 16 bit 32 bit 32 bit

選択したファイル拡張子が画像のビット数よりも少ないビット数を意味する場合（例えば、32 ビット画 像を 16 ビットファイルに保存する場合）、ソフトウェアは、変換方法の選択を求めるプロンプトを表 示します： Contrast stretch、linked stretch、または クリッピング。
tiffScaling.png

TIFF ファイルに書き込むとデータが変更される可能性があることに注意してください。 Tiff スケーリングを参照してください。 損失の多い形式である JPEG は、元の情報がすべて保存されるわけではありませんが、ビジュアリゼーションだけを目的としているため、上記の表には記載されていません。