The Huygens Ortho Slicer tutorial for Microscopic images

この記事は、2013 年秋にリリースされた Huygens 4.5 以降で利用可能な Huygens Ortho Slicer の使用方法に関するチュートリアルです。

Introduction

Orthogonal Slicer は、小さな対象物を 3D で研究するのに役立ち、3D 空間の同じポイントを直交する 3 方向から表示します；

• 軸方向または xy （左上）；
• 正面または xz （左下）；
• 横方向または yz （右下）。

各ビューは、他のビューのどのスライスに対応するかを示す色付きのフレームで囲まれています。 例えば、yz ビューには、赤いフレームがあり、その境界は、他の 2 つのビューの赤色のスライダーによって定義されます。 ビューのサイズは、カーソルをビューの端に置いて、両方向矢印になるように調整できます。 スライスの 1 つを移動すると、他のスライスも追従して、各スライスの中心が空間内の同じポイントで交差するようになります。



ヒストグラム（右上）は、強度値に対してプロットされた完全な画像のピクセル数を示しています。 完全な画像は、メインウィンドウで選択された画像です。アクティブなチャネル（Colors タブで定義）だけがオーバーレイとして表示されます。 ヒストグラムの色は、Colors タブのチャネルの色設定に対応しています。

ビューの 1 つで色付きのスライダーを移動すると、他のビューの対応するスライダーが追従し、各スライドの中心が空間内の同じポイントで交差するようになります。 この動作により、Ortho Slicer は、小さな対象物を 3D で調査するための便利なツールになります。

（十字線）カーソル

マウスの位置はすべてのビューに投影されます。 十字線の中心以外の値は、マウスの位置からこの中心までの距離を示します。 この数値が正の場合、実際のポインターが自分の方（画面の前）にあることを意味します。 いずれかのビューの位置をマウスの左ボタンでクリックすると、スライドの境界線（色付きの線で示される）がその特定の位置の中央に配置されます。

投影領域

この Orthogonal Slicer バージョンの新機能は、投影モードを Slice、MIP、または Sum に設定できることです。 さまざまなビューの色付きのスライダーは、投影された領域の境界を定義します。 Ortho Slicer の開始画面では、アクティブな下部に Projection タブがあり、ビューごとに 2 つの値（原点とスパン）を使用して投影領域の形状が表示されます。 投影モードとして Slice を選択すると、1 つの断面だけが表示されるため、スパンは、1 に設定されます。 （（MIP）最大強度投影）と Sum は、断面の範囲を示します。 MIP は、視点から投影面までトレースされた平行光線を示し、各光線の最大強度だけを表示しますが、Sum は、各光線に沿ったボクセル強度の合計を示します。

View メニュー

View メニューを使用して、画像のプロパティとガイドを表示または非表示にします。 これらを以下に示します：

• ポインター座標。 ミクロン単位またはボクセル座標単位のマウスポインターの位置。
• 時間。 現在のスライスの時間（秒またはフレーム番号）。
• 強度値。 現在のポインター位置のすべてのチャネルの強度値。
• ズーム。 1 ミクロンあたりのスクリーンピクセル単位のズーム値。 倍率も表示されます。 モニターのピクセル密度を使用すると、この値は、絶対倍率の推定値になります。
• ドロップシャドウ。 ドロップシャドウを表示して、オーバーレイされた線とテキストのコントラストを強調します。
• ワイヤーフレームボックス。 データボリューム（赤色）、切断面（緑色）、および表示されたスライス（グレイ色）を示すワイヤーフレームボックスを表示または非表示にします。
• 大きな十字線。 大きな十字カーソルを表示または非表示にします。
• グラフィック。 オーバーレイされた線、スライダーおよびテキストを表示します。
• 自動更新。 リアルタイムで、またはスライダーの位置を変更するときにマウス左ボタンを離した後にビューを更新します。

パンニング

スライス上でマウス中央ボタンをクリックしたままにして、スライスを移動します。 'c' を押すと、スライスが中央に配置されます。

タイムフレームの変更

下部にある Time frame タブキーをクリックして、タイムフレームパネルを表示します。 スライダーをドラッグしてタイムフレームを変更するか、再生ボタンを押してタイムシリーズをアニメーション化します。 実際に表示されるタイムフレームは、View メニューから秒数またはフレーム番号で指定できます。

ズーミング

スクロールホイールを使用して、マウスポインターの位置を拡大または縮小します。 ズームパネルを表示するには、下部にある Zoom タブキーをクリックします。 4 つのボタンは、それぞれ、ズームアウト、ズームイン、ズーム 1:1（x サンプルの距離が 1 ピクセルに一致）、およびすべてを表示。

表示色の変更

下部にある Colors タブキーをクリックして、色設定パネルを表示します。 Active channels の後ろにあるボタンを使用して、チャネルを有効または無効にすることができます。
Color scheme ドロップダウンメニューで、好みの配色を選択できます：

• グレイスケール。 画像は、グレイ色の色合いで表示されます。 単一チャネル画像の場合、これにより、蛍光または RGB カラーよりも高いコントラストが得られます。
• 蛍光色。 蛍光波長が正しく設定されている場合、最も直感的なビューが得られます。
• グローバルカラー。 Edit > Preferences で環境設定として設定できます。 色弱者でも識別可能な色である RGB または CBF を選択できます。
• 疑似カラー。 各強度値に疑似カラーが与えられます。 このビューは、コントラストが高く、等強度領域を簡単に見つけることができます。
• カスタムカラー。 カラーピッカーを使用して、各チャネルの色をマニュアルで選択します。

明るさとコントラストの調整

下部にある Contrast タブキーをクリックして、明るさとコントラストの設定パネルを表示します。 明るさは、チャネルごとに変更することも、すべてのチャネルを一度に変更することもできます。Gamma ドロップダウンメニューは、データ値をピクセル強度にマッピングする線形および非線形の方法を提供します。Link channels ボックスがチェックされている場合、これは、データ値をピクセル強度にマッピングする方法がすべてのチャネルで同じであることを意味します。 そうでない場合、各チャネルの最小値と最大値の範囲が自動的に調整されます。この範囲は、全体的に（完全なデータセットが考慮されます）、または各画面ビューに対して調整できます。

自動パン、スライスおよびズーム

マウス右ボタンをクリックすると、次のオプションを含むメニューが表示されます：

• zoom in brightest spot 。 画像は、カーソルに近い 3D 領域の最も明るいスポットにズームインします。
• Fit in canvas 。 ビューをキャンバスに合わせる。
• Show actual image size 。 画面のピクセルサイズに画像を合わせます。 言い換えると。 対象物の実際のサイズがモニターに表示されます。
• Center image 。 画像をキャンバスの中央に配置します。
• Set marker 。 対応するボクセル座標と各チャネルのボクセル強度を示すマーカーを設定します。

距離の測定

スライスの 1 つに定規を重ねるには、マウス左ボタンを押したままドラッグします。 その横にミクロン単位の線の長さが表示されます。 マウスカーソルと同様に、定規の投影が他のスライスに表示されます。

マウス左ボタンを押したまま線の端または中央をそれぞれドラッグして、終点またはルーラー全体を移動できます。 Ctrl キーを押しながらドラッグすると、終点を線に平行にドラッグしたり、定規全体を垂直方向にドラッグしたりできます。画像の別の場所をクリックするだけで、新しい線を作成できます。 マウス左ボタンで選択し、削除ボタンを使用すると、線を削除できます。

強度プロファイルの測定

ルーラーが描画されると、ヒストグラムは、プロットウィンドウに置き換えられます。 このプロットは、元のデータ、つまりメインウィンドウ内で選択された画像のさまざまなチャネルのルーラーに沿った強度プロファイルを示しています。 無効なチャネルの値は、表示されません。データプロッターは、データを CSV 形式で保存できます、そして、それは、例えば、 Microsoft Excel でインポートでき、プロット全体を Post Script にエクスポートできます、そして、それは、例えば、 Adobe Acrobat または GhostView によって読み取ることができます。