Huygens Essential を使用するデコンボリューションガイドライン
Huygens Essential でデコンボリューションを行う Doing Deconvolution 時に、このロードマップは、代表的なステップを説明します。 プログラムは、異なる必要とするステップを通してあなたを案内するウィザード形式のインターフェイスを備えています。 まだいくつかの点は、最初は扱いにくいかもしれませんが、数回の経験後に、すべてのパラメータは、直感的になります。 非常に役に立つのは、光学顕微鏡の様々なタイプからの画像をデコンボリューション処理するためのデフォルト設定です。 これらに従う場合に、結果は、完全に信頼できるものになります。正しい決定を手助けするために、習熟曲線が非常に速くなるように、私たちは、パターンランゲージ Pattern Language スタイルで最も関連する情報をここに集めます。 以下の Essential Starting Tutorial と同様に興味をもたれるかもしれません。
処理ステージ
Huygens Essential は、処理ステージに基づいて構築されます。 基本的に、以下を行います。
- データをロードして、必要に応じてそれをトリミングします。
- メタデータ、記述の光学パラメータをチェックします。（予め設定済み）
- デコンボリューションパラメータを確立します。（予め設定済み）
- 反復を実行します。
- 結果を表示して、保存します。
処理ステージ
ここでは、すでにソフトウェアがインストールされていることを前提とします。 まだの場合には、Huygens インストール Huygens Installationを参照してください。
手順
- プログラムを起動します。Launch The Program
- 画像をロードします。Load An Image
- 必要に応じて測定 Psf をロードします。Optionally load a measured Psf、さもなければ、自動的な PSF をメタデータに基づいて使用します。
- ウィザード前処理操作Wizard Pre Processing Operations （例えば、明視野画像および球面収差 Spherical Aberration のある画像に重要）。
データの準備ができたら、 'Start deconvolution'を押してデコンボリューション経路に従ってください。
データの準備
- 顕微鏡パラメータをチェックします。 Check Microscopic Parameters
- パラメータテンプレート。Parameter Templates
- 画像をトリミングします。Crop The Image
- 画像ヒストグラムを概観します。Review Image Histogram
デコンボリューションパラメータの確立
- 画像の平均バックグラウンドを評価します。Estimate Average Background
- 繰り返しを制限します。 Limit The Iterations
- S/N 比を設定します。Set The Signal To Noise Ratio
- 繰り返しモード Iteration Mode を選択します。
- 褪色を補正します。Correct The Bleaching
- Auto からブリックレイアウト brick layout を変更しない方が良いです。
- デコンボリューションを完了するか、または再起動します。Finish Or Restart The Deconvolution
- タイムシリーズ用の Z ドリフトを補正します。Correct Zdrift
- 結果を保存します。Save The Results
- マルチチャネル画像を扱います。Handle Multi Channel Images
詳細な例
- デコンボリューション操作 Deconvolution Procedure
- Huygens のデコンボリューションの調整Tuning Huygens Deconvolution
その他の日本語ページは general overview page に記載されているページをご覧ください。