セグメンテーショングループ (Segmentation groups)
セグメンテーショングループは、 Huygens で使用される複雑なビジュアリゼーション結果の独立した各コンポーネントを表す用語です。 Huygens の古いバージョンでは、（グラフィックス）パイプという用語が代わりに使用されます。セグメンテーション
解析したい複数の細胞で構成される画像があるとします。 例えば、各細胞の体積を決定したり、2 つの細胞間の距離を測定したりできます。 そのためには、使用しているイメージングソフトウェアで、最初に、例えば、閾値基準を使用して、細胞の境界を決定する必要があります。 一般的に、画像の関心のある特徴を自動的に選択するプロセスは、セグメンテーションと呼ばれます。Huygens では、Object Analyzer または Surface Renderer で画像をセグメント化できます。 さらに解析するには、前者を使用することをお勧めします。セグメンテーショングループの使用
多くの場合、1 つのセグメンテーション方法を適用しても、画像のすべての関心のある対象物を識別するには不十分です。 細胞の画像の場合、細胞膜と内部細胞小器官の両方を表示したい場合があります。しかし、閾値を低く設定すると、前者だけが表示されます。これは、内部オルガネラと細胞質を区別できないためです（下の画像 b を参照）； 閾値が高い場合は、内部オルガネラだけが表示されます（c）。セグメンテーショングループは、この問題に対する Huygens のソリューションです。 閾値が低い 1 つのセグメンテーショングループを使用して膜を表示し、別のグループを使用して内部オルガネラを表示できます（d）。 さらに、ビジュアリゼーションをさらに改善するために、各グループの色相、明るさ、透明度を個別に調整できます（e）。（a）元画像
（b）低い閾値
（c）高い閾値
（d）使用した 2 セグメンテーショングループ
（e） コントラストの向上
元の画像は、蛍光 H2B 核タンパク質で染色されたアポトーシス細胞を示しています。 マサリク大学、チェコ共和国の M. Varecha 氏および M. Kozubek 氏のご厚意によります。 サブ画像（d）では、同じ明るさと透明度を持つ 2 つのセグメンテーショングループが使用されました。 サブ画像（e）では、これらの値が調整されて、コントラストが向上しました。
セグメンテーショングループは、マルチチャネル画像を操作する場合にも非常に役立ちます。 Huygens で使用されるセグメンテーション方法は、一度に 1 つのチャネルでだけ機能するため、複数のチャネルを一度にレンダリングするには、複数のセグメンテーショングループを使用する必要があります。
セグメンテーショングループを使用できる 3 番目のケースは、チャネルの最大強度投影（ MIP）を表示することです。 これは、空間参照として役立ちます。
Segmentation groups in Huygens
Huygens ソフトウェアでは、一部のビジュアリゼーションツールと解析ツール（特に、Surface Renderer と Object Analyzer）は、画像データのセグメンテーションと最終的な 3D レンダリングでの表示方法をコントロールするために使用できるセグメンテーショングループを使用します。次の例を参照してください： 細胞核の 3 チャネル画像が Huygens の Object Analyzer で視覚化されています。 1 つのセグメンテーショングループには、核の DAPI チャネル（画像のチャネル 2）の 2D 最大強度投影が空間参照として含まれています。 他の 2 つのセグメンテーショングループは、チャネル 1 とチャネル 0 の対象物の等値面を表示するために使用されます（一方は、赤黄色、もう一方は、青みがかった色）。 3 つのアクティブなセグメンテーショングループは、最終的な 3D レンダリングで結合され、MIP の各部分がビジュアリゼーションボリュームの正しい場所に配置されるため、等値面の一部がその下にあり、他の部分が上にあります。
より具体的には、Huygens の Object Analyzer には、対象物解析のために画像データを入れるための 2 つのセグメンテーショングループ（プライマリとセカンダリという名前）、チャネルの 1 つの MIP を同時に視覚化する別のグループ、および ROI を視覚化する別のグループがあります。
Object Analyzer を最初に開いたとき、プライマリセグメンテーショングループは、チャネル 0 を表示するように設定されています； 他のものは、非アクティブです（チャネル「None」に設定）。 他のセグメンテーショングループのいずれかをアクティブにする場合は、対応するタブ（セカンダリセグメンテーショングループの場合は、Scnd など）をクリックし、ドロップダウンメニューで表示するチャネルを選択します。 プライマリおよびセカンダリ セグメンテーショングループは、同じように機能することに注意してください、前者は、後者よりも重要ではありません。 Object Analyzer の画面下部にある統計表の SegGroup 列で、0 は、プライマリグループを表し、1 は、セカンダリグループを表します。
Object Analyzer でセグメンテーショングループを使用する方法の詳細については 、svi.nl/ObjectAnalyzerExpertTutorial#Segmentation_groups を参照してください。