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セグメンテーショングループ (Segmentation groups)

セグメンテーショングループは、 Huygens で使用される複雑なビジュアリゼーション結果の独立した各コンポーネントを表す用語です。 Huygens の古いバージョンでは、(グラフィックス)パイプという用語が代わりに使用されます。

セグメンテーション

解析したい複数の細胞で構成される画像があるとします。 例えば、各細胞の体積を決定したり、2 つの細胞間の距離を測定したりできます。 そのためには、使用しているイメージングソフトウェアで、最初に、例えば、閾値基準を使用して、細胞の境界を決定する必要があります。 一般的に、画像の関心のある特徴を自動的に選択するプロセスは、セグメンテーションと呼ばれます。Huygens では、Object Analyzer または Surface Renderer で画像をセグメント化できます。 さらに解析するには、前者を使用することをお勧めします。

セグメンテーショングループの使用

多くの場合、1 つのセグメンテーション方法を適用しても、画像のすべての関心のある対象物を識別するには不十分です。 細胞の画像の場合、細胞膜と内部細胞小器官の両方を表示したい場合があります。しかし、閾値を低く設定すると、前者だけが表示されます。これは、内部オルガネラと細胞質を区別できないためです(下の画像 b を参照); 閾値が高い場合は、内部オルガネラだけが表示されます(c)。セグメンテーショングループは、この問題に対する Huygens のソリューションです。 閾値が低い 1 つのセグメンテーショングループを使用して膜を表示し、別のグループを使用して内部オルガネラを表示できます(d)。 さらに、ビジュアリゼーションをさらに改善するために、各グループの色相、明るさ、透明度を個別に調整できます(e)。

(a)元画像
(a)元画像
(b)低い閾値
(b)低い閾値
(c)高い閾値
(c)高い閾値
(d)使用した 2 セグメンテーショングループ
(d)使用した 2 セグメンテーショングループ
(e) コントラストの向上
(e) コントラストの向上
元の画像は、蛍光 H2B 核タンパク質で染色されたアポトーシス細胞を示しています。 マサリク大学、チェコ共和国の M. Varecha 氏および M. Kozubek 氏のご厚意によります。 サブ画像(d)では、同じ明るさと透明度を持つ 2 つのセグメンテーショングループが使用されました。 サブ画像(e)では、これらの値が調整されて、コントラストが向上しました。

セグメンテーショングループは、マルチチャネル画像を操作する場合にも非常に役立ちます。 Huygens で使用されるセグメンテーション方法は、一度に 1 つのチャネルでだけ機能するため、複数のチャネルを一度にレンダリングするには、複数のセグメンテーショングループを使用する必要があります。

セグメンテーショングループを使用できる 3 番目のケースは、チャネルの最大強度投影( MIP)を表示することです。 これは、空間参照として役立ちます。

Segmentation groups in Huygens

Huygens ソフトウェアでは、一部のビジュアリゼーションツールと解析ツール(特に、Surface RendererObject Analyzer)は、画像データのセグメンテーションと最終的な 3D レンダリングでの表示方法をコントロールするために使用できるセグメンテーショングループを使用します。

次の例を参照してください: 細胞核の 3 チャネル画像が Huygens の Object Analyzer で視覚化されています。 1 つのセグメンテーショングループには、核の DAPI チャネル(画像のチャネル 2)の 2D 最大強度投影が空間参照として含まれています。 他の 2 つのセグメンテーショングループは、チャネル 1 とチャネル 0 の対象物の等値面を表示するために使用されます(一方は、赤黄色、もう一方は、青みがかった色)。 3 つのアクティブなセグメンテーショングループは、最終的な 3D レンダリングで結合され、MIP の各部分がビジュアリゼーションボリュームの正しい場所に配置されるため、等値面の一部がその下にあり、他の部分が上にあります。

Image

より具体的には、Huygens の Object Analyzer には、対象物解析のために画像データを入れるための 2 つのセグメンテーショングループ(プライマリとセカンダリという名前)、チャネルの 1 つの MIP を同時に視覚化する別のグループ、および ROI を視覚化する別のグループがあります。

Object Analyzer を最初に開いたとき、プライマリセグメンテーショングループは、チャネル 0 を表示するように設定されています; 他のものは、非アクティブです(チャネル「None」に設定)。 他のセグメンテーショングループのいずれかをアクティブにする場合は、対応するタブ(セカンダリセグメンテーショングループの場合は、Scnd など)をクリックし、ドロップダウンメニューで表示するチャネルを選択します。 プライマリおよびセカンダリ セグメンテーショングループは、同じように機能することに注意してください、前者は、後者よりも重要ではありません。 Object Analyzer の画面下部にある統計表の SegGroup 列で、0 は、プライマリグループを表し、1 は、セカンダリグループを表します。

Object Analyzer でセグメンテーショングループを使用する方法の詳細については 、svi.nl/ObjectAnalyzerExpertTutorial#Segmentation_groups を参照してください。