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Huygens Fuser

対話的な場面と自動微調整を使用して、マルチビューシート光画像を位置合わせします




シート光蛍光顕微鏡(LSFM)で一般的なのは、複数の(反対または回転)ビューを画像取得し、これらを融合して、光の吸収と散乱の問題を補正することです。通常、関心ポイント(ビーズなど)は、この融合プロセスを容易にするために使用されます。Huygens Fuser は、ビーズの使用を必要としません。代わりに、対話的な場面を使用してビューを移動、回転およびスケーリングすることにより、各ビューを最適に配置できます; 次に、高度な相関アルゴリズムにより、配置を微調整します。アラインメントプロセス時のリアルタイムの視覚的フィードバックにより、融合を完全にコントロールできます!

Huygens の用途の広い Fuser は、非常に使いやすく、すべての LSFM データに適しており、追加のエキスパート fusion 設定、すべてのシート光タイプに合わせたデコンボリューション、および効率的な計算使用のための CPU + GPU サポートを備えています。

Fuser Ioannis
マルチビュー 3D シート光データは、Huygensで融合、デコンボリューション処理、視覚化されており、染色されたシロイヌナズナの成熟した葯を示しています。融合およびデコンボリューション処理された結果の強度がより均一であることに注意してください。スケールバー: 30 μm。 オランダ、Radboud University の Ioannis Alexopoulos氏(GI)、Ivo Rieu 氏、Mieke Wolters 氏および Jian Xu 氏のご厚意により提供。


Interactive interface

FuserInterface Still
相関アルゴリズムが配置を微調整する前に、各ビューを直感的に移動、スケーリング、回転します。


Expert settings

Interactive02
さまざまなシート光設定の特定のデコンボリューションおよびfusion設定により、最適な画像復元が可能になります。


Improved by deconvolution

Psf
Huygens 独自のシート光デコンボリューションが統合され、融合を強化し、高品質の画像結果を形成します。




Testimonials

ショウジョウバエの卵巣の 8 ビューシート光スタックを使用してシート光融合をテストしました。 融合は、うまくいきました!特に有用だったのは、画像に基準マーカービーズを使用せずに登録と融合を行ったことです。

米国、University of California Santa Barbara、facility director NRI-MCDB Microscopy のBenjamin Lopez 博士。
シート光データのデコンボリューションは、簡単な作業ではありません。また、マルチビューの融合は、他のソフトウェアパッケージでの試行錯誤の経験です。私は、実際に両方のタスクを高速かつ効率的に実行する Huygens の Fusion Wizard に本当に驚きました。

英国、University of Liverpool、細胞イメージングセンターのイメージングマネージャーの Marco Marcello博士。



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Interactive interface with automated fine-tuning


融合プロセスは、2 つの主要部分で構成されます: マニュアル近似とそれに続く自動最適化。対話的な Fuser ウィンドウでは、ユーザーは、ズーム、移動および回転をすることで、さまざまなビューを直感的な方法でほぼ位置合わせすることができます。ピクセルの重み付け、トリミングおよびサンプリング設定などのオプション設定により、fusion をさらにカスタマイズできます。

マニュアル近似した後、Fuser は、高度な相関アルゴリズムを使用して配置を微調整します。Huygens 独自のシート光デコンボリューションは、融合パイプラインに統合されており、細かい画像の詳細に基づいた融合を可能にし、高品質の最終画像を保証します。

画像説明:
Huygens Fuser ウィンドウには、複数のビューの最大強度の投影が表示され、これは、相関アルゴリズムが位置合わせを微調整する前に、マニュアルで位置合わせできます。フランス、University Claude Bernard Lyon 1 の Denis Ressnikoff 博士のご厚意により提供。



All dimensions, all LSFM types


Huygens Fuser は、あらゆるタイプのシート光顕微鏡であらゆるイメージング方向から取得した画像を融合するために使用できます。さらに、Fuser は、2D から 5D(マルチチャネル 3D タイムシリーズ)のデータを処理できます。

画像説明:
''2 つのシート光データセットがデコンボリューション処理され、Huygens Fuser で融合されました。 上のデータセットは、360 度回転(45 度ステップ)で取得されたショウジョウバエの脳からのものです。 下のセットは、2 つの反対側から画像化された鶏の胚からのものです。どちらのセットも、フランス、
Université Lyon 1 の Christophe Marcelle 教授、Marie Julie Dejardin 夫人(INMG)、Denis Ressnikoff博士(CIQLE)のご好意により提供されました。''
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Light Sheet Deconvolution & Fusion in Huygens


Huygens Fuser には、単一のワークフロー内でシート光画像をデコンボリューション処理して融合するオプションがあります。ガウス、高いフィルファクター、スキャン、格子ベースのシステムを含みますが、これらに限定されないいくつかの異なるシート光セットアップがサポートされています。特定の LSFM システム用にカスタマイズされたパラメータテンプレートを選択することにより、デコンボリューションと fusion の両方を簡単かつ再現性よく実行できます。Huygens 独自の追加の復元オプションのセットを使用すると、ホットおよびコールドピクセル、クロストーク(表面滲み)、色収差、ドリフトなどの追加のイメージングアーティファクトを補正できます。

ビデオ説明:
マウス胚盤胞の生画像(左図)およびデコンボリューション処理した 3D シート光画像(右図)の最大強度投影画像。デコンボリューションには、Huygens 独自の理論上のシート光 PSF が使用されました。ドイツ、EMBL Heidelberg の Marc Duque Ramirez 博士、Niwayama Ritsuya 博士および Stefan Terjung博士のご厚意により提供。



Use in research

Hötte K、Koch M、Hof L 等。超薄型フルオロカーボンフォイルは、3 次元のネイティブおよび光学的に透明にされた標本のマルチスケールイメージングを最適化します。
Huygens は、シート光の融合とデコンボリューションに使用されました。
Sci Rep 9, 17292 (2019).

詳細については、Scientific Publicationsを参照してください。

一部のシート光設定では、サンプルは、斜めに向けられた励起ビームを横切って水平に移動します。結果として得られる画像は、傾いており、さらに処理する前に安定させる必要があります。シート光画像は、Huygens の特別なシート光デコンボリューションを使用して確実にデコンボリューション処理できます。

Object Stabilizer Light Sheet Deconvolution

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