Huygens Light Sheet Deconvolution Software
多くの種類のシート光をサポート
Huygens Deconvolved
Huygens シート光蛍光顕微鏡(LSFM)デコンボリューション オプションは、ガウスプロファイル(マルチビューおよびフラットフィールドを含む)、スキャンビーム、スキャンベッセルビームおよびスキャン格子ビームなど、さまざまなシート光タイプをサポートします。空間的に変化するPSF は、シート光の厚さの変化と深さに依存する球面収差による PSF の違いを補正します。デコンボリューションは、マルチビュー融合と組み合わせることができ、Huygens Fuser で非常に簡単になります。
大規模な LSFM データセットは、Huygens の効率的な RAM 使用、堅牢なデコンボリューションアルゴリズム、および GPU アクセラレーションから大きな恩恵を受けます。
大規模な LSFM データセットは、Huygens の効率的な RAM 使用、堅牢なデコンボリューションアルゴリズム、および GPU アクセラレーションから大きな恩恵を受けます。
画像説明:
Zeiss Z1 シート光顕微鏡で撮影したショウジョウバエの脳の画像。 8 つのビュー(生のビューの 1 つが表示されています)で構成されるこのマルチビューデータセットは、デコンボリューション処理され、Huygens ソフトウェアと融合されました。 画像は、フランス、Lyon、University Claude Bernard のDenis Ressnikoff 博士から提供されました。
Zeiss Z1 シート光顕微鏡で撮影したショウジョウバエの脳の画像。 8 つのビュー(生のビューの 1 つが表示されています)で構成されるこのマルチビューデータセットは、デコンボリューション処理され、Huygens ソフトウェアと融合されました。 画像は、フランス、Lyon、University Claude Bernard のDenis Ressnikoff 博士から提供されました。
すべての顕微鏡ブランド
すべてのシート光顕微鏡をサポートします。
可変シート幅補正
空間的に変化する PSF は、選択したシート光タイプに基づいて構築されます。
ユーザーの声
新しく公開された hFRUIT 方法で透明化された DiI 標識付きの人間の脳組織の diSPIM シート光画像は、Huygens のス キ ャ ン し た 画 像 の 傾 き や 歪 み の 補 正 とデコンボリューションによって大幅に改善されました。Huygens の 3D レンダリングにより、すばらしい形状およびビデオを作成することができ、データを輝かせるのに本当に役立ちました!
オランダ、Maastricht University、Maastricht Brain Imaging Centre (MBIC) の Sven Hildebrand 博士。
オランダ、Maastricht University、Maastricht Brain Imaging Centre (MBIC) の Sven Hildebrand 博士。
シートの厚さの変化を補正するための空間的に変化する PSF
生のシート光画像の品質は、通常、画像によって異なります。これは、励起シートの厚さが空間的に変化するためです、サンプルのあるポイントでのシートの厚さは、このポイントが画像でどれだけ強くぼやけているかを決定するためです。例えば、ガウスシートを使用すると、画像の中央の解像度が端の解像度よりも高くなります。これを補正するために、Huygens シート光デコンボリューションは、可変点像分布関数(PSF)を使用します(画像を参照)。この PSF は、顕微鏡パラメータに入力されたシート光の仕様を使用して計算されるため、デコンボリューションは、セットアップに最適化されます。
画像説明:
ユーザーが選択した励起モードに基づいて、Huygens は、可変 PSF を使用してシート光画像をデコンボリューション処理します。
ユーザーが選択した励起モードに基づいて、Huygens は、可変 PSF を使用してシート光画像をデコンボリューション処理します。
大規模なデータセット? 問題ない！
LSFM データセットは、特に、複数のビューが記録されている場合、非常に大きくなることがよくあります。デコンボリューションの品質を損なうことなく、このようなデータセットの高速なデコンボリューションを可能にするために、GPU アクセラレーションオプションを提供しています。この GPU アクセラレーションは、Huygens の効率的な RAM 使用とスマートなブリック分割とともに、入力データのサイズ制限がないことを保証します。研究に使用
J. Bürgers、I. Pavlova、J.E. Rodriguez-Gatica 等。シート光蛍光拡張顕微鏡: 超解像での神経回路の高速マッピング。Huygens は、PSF の測定とシート光画像のデコンボリューション処理に使用されました。
Neurophoton. 6 (2019)
K. Hötte、M. Koch、L. Hofet 等。超薄型フルオロカーボン薄片は、3 次元のそのままおよび光学的に透明化された標本のマルチスケールイメージングを最適化します。
Huygens は、シート光の融合とデコンボリューションに使用されました。
Sci. Rep. 9 (2019)
詳細については、 Scientific Publicationsを参照してください。
関連製品
斜めの角度で取得された画像は、z 方向にせん断されます。これは、Huygens Object Stabilizer で補正できます。マルチビューシート光画像は、Huygens Fuser の基準マーカーを必要とせずに対話的に融合できます。Object Stabilizer Fuser
詳細情報
デコンボリューションの概要Huygens デコンボリューションソフトウェア
デコンボリューション画像
Huygens Light Sheet deconvolution gallery
デジタルシート光顕微鏡で取得したマウス胚盤胞からの生(左図)およびデコンボリューション処理した(右図)3D 画像の最大強度投影図。デコンボリューションは、理論的なシート光の点像分布関数を計算するために、CMLE アルゴリズムと Huygens モジュールを使用して実行されました。画像は、ドイツ、EMBL Heidelberg の Marc Duque Ramirez 博士、Niwayama Ritsuya 博士(柊グループ)および Stefan Terjung 博士(ALMF)から提供されました。
詳細:遺伝学および発生生物学の分野の画像
詳細:遺伝学および発生生物学の分野の画像
Raw SPIM
画像は、シロイヌナズナの葉のチューブリンを示しています。細胞体がはっきり見えます。Zeiss Z1 シート光を使用して、反対側からの照明で 2 つの別々の画像を取得しました。生の czi 画像は、デコンボリューション処理され、Huygens と融合されました。画像は、中国、CAS、Shanghai Center for Plant Stress Biology、Cell Biology Core Facility の Shingo Nagawa 博士から提供されました。
詳細:植物生物学の分野の画像
詳細:植物生物学の分野の画像
Zeiss Z1 シート光データセットの 2 つの例は、デコンボリューション処理され、Huygens FUSER で融合されました。最初のデータセットは、360 度の回転(45 度ステップ)で取得されたショウジョウバエの脳からのものであり、2 番目のセットは、2 つの反対側から画像化されたニワトリの胚からのものです。画像は、フランス、Université Lyon 1 の Christophe Marcelle 教授、Marie Julie Dejardin 夫人(INMG)および Denis Ressnikoff 博士(CIQLE)から提供されました。
詳細: 遺伝学および発生生物学の分野の画像
詳細: 遺伝学および発生生物学の分野の画像
画像は、シロイヌナズナの葉のチューブリンを示しています。細胞体がはっきり見えます。Zeiss Z1 シート光を使用して、反対側からの照明で 2 つの別々の画像を取得しました。生の czi 画像は、デコンボリューション処理され、Huygens で融合されました。画像は、中国、CAS、Shanghai Center for Plant Stress Biology、Cell Biology Core Facility の Shingo Nagawa 博士から提供されました。
詳細: 植物生物学の分野の画像
詳細: 植物生物学の分野の画像
高解像度シート光データの Huygens デコンボリューション。理論的なシート光の点像分布関数を使用した CMLE アルゴリズムによるデコンボリューションの前(左図)と後のC. エレガンス 1 細胞期胚の GFP 標識された卵黄顆粒。画像は、ドイツ、Heidelberg、European Molecular Biology Laboratory の Uros Krzic 博士、Lars Hufnagel 博士、および Yury Belyaev 博士から提供されました。
詳細:遺伝学および発生生物学の分野の画像
詳細:遺伝学および発生生物学の分野の画像