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Scientific Volume Imaging B.V.

Scientific Volume Imaging

Deconvolution - Visualization - Analysis



New features in Huygens Software

指定されない時には、変更は、すべての Huygens Software 製品に適用されます。ラベルは、特定の製品だけを示します： E = Huygens Essential, P = Huygens Professional, L = Huygens Localizer, C = Huygens Core.

What's new in Huygens 23.04

Huygens Professional, Essential, Localizer & Core


  • (All) 画像／表を使用したスクリプトの変更：
    • 画像または表を作成すると、名前の代わりにハンドルが返されるようになりました。
      • ハンドルは、Tcl および Python スクリプトに使用されます。
      • 以前は、画像名がこの目的を果たしていたため、画像名を変更できませんでした。
    • コピーを作成せずに画像か、または表の名前を変更します。
      • サムネイル画像を右クリックして「Rename Image/Table」を選択するか、またはショートカットとして F2 キーを押します。
      • 名前変更コマンド「oldName rename newName」で Tcl スクリプトを使用します。
  • (P/L) Python スクリプト：
    • Python をバージョン 3.7.8 からバージョン 3.11.1 に更新しました。
    • 画像ハンドルおよび画像名と互換性があるように画像クラスを更新しました。
  • (E/P) Deconvolution Express：
    • 自動 SNR と Acuity 評価が改善されました。 推奨される Acuity が正常範囲外になることはなくなりました。
  • (E/P/C) Deconvolution algorithms：
    • (CMLE/GMLE) Z 断面が 1 つか、または 2 つだけの画像の正則化の補正を追加しました。
    • (CMLE) アンダーサンプル画像とオーバーサンプル画像の正則化の補正を改善。 下位互換性を高めるため、Acuity が無効になっている場合、この変更は、ほぼ無効になります。
    • 注意： 表面的な画像および非常にアンダーサンプリングか、またはオーバーサンプリング画像のデコンボリューションテンプレートには、調整が必要な場合があります。
  • (E/P) Workflow Processor：
    • 対象物解析をバッチ処理で実行するための「Analyze Objects」タスクを追加しました（以下を参照）。
    • 「Automatic」デコンボリューションアルゴリズムを追加しました。 これは、 Decon Express と同様に、自動的に検出された設定を使用してデコンボリューションを実行します。
    • クロストーク補正テンプレートを使用してクロストーク補正を行うオプションを追加しました。
  • (E/P/C) Batch Object Analysis：
    • Workflow Processor の新しいタスクを使用して、対象物解析をバッチ処理で実行できるようになりました。
    • (E/P) Object Analyzer の Workflow Designer が改善され、バッチ処理をサポートするように変更されました。
      • 「Time frame and detector」タスクは、「Time series」タスクに作り直されました。 ワークフローの一部を画像の各タイムフレームに適用できるようになりました。 これは、「 Analyze time series」などのいくつかの古いタスク固有のオプションを置き換えます。 生のアレイ検出器画像の解析のサポートは、放棄されました。
      • 「Set visualization task」は、放棄されました。
      • 「Basic ROI operations」タスクと「Set anchor」タスクで、一部のオプションのセグメンテーショングループを設定できるようになりました。
      • 「Advanced ROI operations」タスクが拡張され、より多くのオプションが追加されました。
      • ROI を使用して画像から強度を取り除くために使用できる新しい「ROI intensity removal」タスクが追加されました。
  • (E/P/L) The Object Analyzer:
    • チュートリアルを追加しました。
    • (E/P) 報告されたパラメータ：
      • テンプレートを使用して、パラメータのカスタム選択を保存およびロードできるようになりました。
    • 「HighContrast」パラメータをビジュアリゼーションタブのカラーリングパラメータのリストに追加します。 このパラメータを使用すると、近くの対象物が対照的な色になるように対象物に色を付けることができます。
    • 規則形状で選択範囲を描画するためのマウスモードが追加されました。
    • 2D XY 断面の解析では、2 次元画像に無関係か、または誤解を招くパラメータがレポートされなくなります。
    • 対象物の結合と削除、なげなわツールによる対象物の選択、およびさまざまな解析操作に対する GPU サポートが追加／改善されました。
    • 対象物の選択を改善します。 マウス解析モードで Ctrl + マウス左ボタンを使用して、複数の対象物を選択できるようになりました。 選択した対象物もより明確に強調表示されます。
  • (E/P) Crosstalk Corrector:
    • 未処理のアレイ検出器画像のクロストーク補正のサポートを追加します。
    • クロストーク補正テンプレートを追加しました。
    • Mip プレビューを更新しました。
  • (All) File readers:
    • HDF5 リーダー：
      • Luxendo メタデータを読み取ります。
      • 複数のファイルに分割された HDF5 画像のサポートが追加されました。
  • (C) Huygens コマンドラインインターフェース（CLI）:
    • ワークフローテンプレートと画像へのパスを指定して、コマンドラインから Huygens Core を起動し、そのワークフローテンプレートをその画像に適用します。
      • これにより、Huygens のデコンボリューションと処理をカスタムワークフローに簡単に統合できるようになります。
      • これにより、ジョブスケジューラ（例えば、Slurm）を使用した Huygens の実装が簡単になります。

Minor changes
  • (E/P) 改善された生の Array Detector 画像のサポート：
    • Cropper に検出器トリミングオプションを追加しました。
    • ギャラリーツールは、検出器画像全体の断面を視覚化できます。
  • (E/P) SFP レンダリング：
    • 回転またはズームが十分に速い場合は、フル解像度を使用します。
  • (E/P/L) すべてのレンダリング：
    • カスタマイズ可能なスケールバー。
  • (E/P/L) Slicer/Twin Slicer/MIP レンダリング：
    • 画像のルックアップテーブルを表示するオーバーレイ色相バー。
  • (E/P) PSF Distiller：
    • STED パラメータの評価をオプションにしました。 抽出された STED PSF をそのまま直接、エクスポートできるようになりました。
    • 23 nm の STED GATTA ビーズを考慮して、 STED ビーズの許容直径を最小 25 nm から 20 nm に引き下げました。
    • 推奨される SNR 値が改善され、1 つの画像から複数のチャネルを抽出する時に、異なるチャネルに対して異なる SNR 値が許可されます。
  • (All) ファイルリーダー：
    • Abberior Msr/Obf：
      • 大きなタイルシリーズおよび／またはタイムシリーズを含む大きな塊の obf ファイルの読み取り速度が向上しました。
      • Facility Line ファイルと STEDYCON ファイルの両方で、回転したタイル画像取得時の角度の読み取りを修正しました。
    • Tiff リーダー：
      • 8/16 ビット（符号なし）整数および 32 ビット（符号なし）整数／浮動小数点データ型を使用したタイル TIFF のサポートを追加しました。
      • 32 ビット整数 tiff の部分的なサポートを追加しました。 これらは、読み込まれ、（32 ビット）浮動小数点画像に変換されます。
    • Ome-Tiff リーダー：
      • VisiView によって書き込まれたファイルなど、特殊な場合のシリーズファイルからの単一ファイルのデータの読み取りを改善しました。
      • フル画像のチャネルのサブセットをロードする際のチャネルメタデータの添付を改善しました。
  • (All) ファイルライター：
    • Ome-Tiff ライター：
      • OME スキーマに適合しないすべての Huygens 顕微鏡パラメータをカスタム SVI StructuredAnnotation に保存します。
      • STED、SPIM とアレイ検出器パラメータおよびパラメータ信頼性状態を含むすべての Huygens 顕微鏡パラメータが OME-TIFF 形式を使用する時に、保存されるようになりました。
  • (E/P/L) レンダリングのエクスポート：
    • サーフェースレンダリングと Object Analyzer にエクスポートするオプションを追加しました。
    • Slicer に枠線なしで元のサイズでエクスポートするオプションを追加しました。
  • (L) Cluster Analyzer：
    • 2D 表の解析では、2 次元データに無関係、または誤解を招くパラメータが報告されなくなり、2D データに関連する真円度の測定が含まれるようになりました。
    • 新しいカラーリングオプション： クラスターの特性の一部に基づいてクラスターを色付けできるようになりました。 例えば、同じ親を持つクラスターには、同じ色を提供できます。
    • 「HighContrast」パラメータをビジュアリゼーションタブのカラーリングパラメータのリストに追加します。 このパラメータを使用すると、近くのクラスターが対照的な色になるように対象物に色を付けることができます。
  • (E/P/L) Preferences：
    • (P/L) 優先されるスクリプトシェル（Python または Tcl）の設定を追加します。
  • (E/P/L) ライセンスウィンドウ：
    • オープン製品では、機能しないライセンスを追加する際の説明を改善しました。

Bugfixes
  • (E/P) Deconvolution Express：
    • 少なくとも 1 つの Array Detector チャネルを除く、すべてのチャネルをスーパーサンプリングしない場合のバグを修正しました。
  • (E/P/L) Workflow Processor：
    • シリーズファイルを開く時に、発生する可能性のある小さなバグを修正しました。
    • (E/P) 少なくとも 1 つの Array Detector チャネルを除く、すべてのチャネルをスーパーサンプリングしない場合のバグを修正しました。
  • (E/P/L) Twin Slicer：
    • 表示された画像の Z サンプリングが異なる場合、Twin Slicer の適切なビューアが正しい Z 断面を使用しない問題を修正します。
  • (E/P/L) The Object Analyzer：
    • すべてを解析時に、stop ボタンを押すと、解析が正しく続行されないというまれな問題を修正しました。
  • (E/P/L) The Object Tracker：
    • 2 つのチャネルが非常に似ている場合に、トレーニングが失敗する可能性がある問題を修正しました。
  • (All) File readers:
    • Olympus VSI： 多数の画像取得マーカーを含むファイルを読み取る時のクラッシュを修正しました。

Patches

Huygens Ver. 23.04.0p1
(1st June 2023)
  • (All) ファイルリーダー：
    • Olympus VSI： 無効な VSI ファイルを開こうとした時のクラッシュを防止しました。
    • OME-TIFF： 潜在的なメモリリークを引き起こす 23.04.0p0 からの回帰を修正しました。
  • (E/P) Workflow Processor：
    • ROI を移動する解析テンプレートを実行しようとした時のエラーを修正しました。
  • (P) Operations Window：
    • 画像 a、b、c、または psf を出力として使用するときに操作の結果が表示されない問題を修正しました。

Huygens Ver. 23.04.0p2
(2nd of June 2023)
  • (C) HRM および HuCore ユーザーのロケールの問題を修正。
    • ピリオド（.）の代わりにカンマ（,）を小数点区切り文字として使用することで発生する可能性のある問題を防止します。
  • (All) ファイルリーダー：
    • MSR/OBF： 画像が別のチャネルとしてだけ開かれる問題を修正します。（影響を受けるバージョンは、23.04.0p0 と 23.04.0p1）