Microscopy Parameters in Huygens
顕微鏡パラメータは、光学画像と取得条件を記述するパラメータです。 これらのパラメータは、結像を完全に記述し、通常、画像取得ソフトウェアによって画像のメタデータに保存されます。
画像を適切にデコンボリューション、復元、視覚化、解析するには、画像が顕微鏡パラメータによって正しく記述されていることを確認する必要があります。 Huygens は、サポートされているすべてのファイル形式で、画像メタデータから可能な限り多くのパラメータを読み取ります。 ただし、何らかの形式の復元、ビジュアリゼーション、または解析を行う前に、これらのパラメータを確認することを常に、お勧めします。 これは、Huygens の顕微鏡パラメータエディタを使用して行うことができます。
一般的なパラメータ
顕微鏡の種類に関係なく、各顕微鏡に適用される顕微鏡パラメータがいくつかあります。
サンプリング間隔
光学パラメータ
その他のパラメータ
顕微鏡とチャネルのパラメータ
一般的なパラメータに加えて、顕微鏡のタイプに依存する顕微鏡固有のパラメータもあります。 Huygens では、個々のチャネルごとにこれらのパラメータを変更できます。
コンフォーカル顕微鏡パラメータ
マルチフォトン励起フォトンパラメータは、マルチフォトンコンフォーカルシステムにだけ適用されます。 詳細については、マルチフォトンパラメータタブをご覧ください。
回転ディスク顕微鏡パラメータ
マルチフォトン顕微鏡パラメータ
マルチフォトン固有のパラメータ：
「広視野」および「コンフォーカル」マルチフォトン顕微鏡があるため、顕微鏡タイプは、使用する顕微鏡に応じて、顕微鏡パラメータエディタでコンフォーカル、または広視野として定義する必要があります。 Huygens のマルチフォトンデコンボリューションオプションを使用すると、「広視野」と「コンフォーカル」の両方のマルチフォトン顕微鏡にアクセスできます。 2 フォトン顕微鏡の場合、マルチフォトン励起パラメータを 2 に設定する必要があります。
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STED 顕微鏡パラメータ
STED 固有のパラメータ：
STED 顕微鏡の特定のパラメータと STED 画像のデコンボリューションの詳細については、Huygens STED デコンボリューションを参照してください。
STED Parameters
シート光顕微鏡パラメータ
シート光固有パラメータ：
シート光顕微鏡の特定のパラメータとシート光画像のデコンボリューションの詳細については、Huygens Light Sheet デコンボリューションを参照してください。
Light Sheet Parameters
アレイ検出器顕微鏡パラメータ
アレイ検出器固有のパラメータ：
- 検出器モデル
- 検出器間隔
- アスペクト比
- 回転
- ミラーリング
再スキャン顕微鏡パラメータ
Brightfield microscope parameters
If the microscopic parameters specify the image as "brightfield" the image will first be inverted automatically by Huygens when the Deconvolution Wizard of Express is used. This is done because dense objects should have high intensity vallues in our deconvolution algorithms.
SoRa Spinning Disk microscope parameters
VT-iSIM microscope parameters
The Multi photon excitation photons parameter is only applicable to Multi-photon confocal systems. See the Multi-photon parameters tab for more information.
Huygens でのパラメータの検証
画像を適切にデコンボリューション、視覚化、および解析するには、画像が正しい顕微鏡パラメータによって記述されていることを確認する必要があります。 例えば、基本的なボクセルサイズは、画像化された対象物のサイズを定義するためにすでに重要です。 顕微鏡パラメータは、画像取得ソフトウェアによって画像ファイルのメタデータとして保存できます。 画像が開かれると、Huygens は、このメタデータをファイルから自動的に読み取ります。 これらのパラメータは、Huygens パラメータエディタで確認および検証できます。
エディタでは、色を使用してパラメータのステータスを示し、パラメータ値が顕微鏡と画像のタイプに必要かどうかを示します。 各パラメータの前にある色付きのドットは、パラメータのステータスを示しています。 以下の表は、Huygens 顕微鏡パラメータエディタのパラメータのさまざまなステータスを示しています。
✓ 緑色: パラメータを検証 • 緑色: 値は、ファイルから報告 • 青色: 評価値 • グレイ色: パラメータを編集 • オレンジ色: デフォルト値 • 赤色: パラメータが無効
このパラメータは、Huygens パラメータエディタで確認済みです。 このパラメータ値は、画像のメタデータによって報告されます。 このパラメータ値は、他のパラメータの値に基づいて、Huygens によって評価されます。 パラメータを編集しました。 これは、パラメータのデフォルト値です。
パラメータに選択された値は、無効であるため、使用しないでください。 not be used.さらに、予期しない値を示すために、入力フィールドに背景色が使用されます。 値が赤色の背景 ()に表示されている場合、非常に疑わしいものです（例えば、特定の屈折率がその開口数と互換性がないため、または画像がアンダーサンプリングされているため）。 オレンジ色の背景 () は、最適でない状況を示します。 オーバーサンプリングは、シアン色の背景 ()は、最適でない状況を示します。 オーバーサンプリングは、シアン色の背景() になります。 エディタのレポートウィンドウでは、値が予想外である理由について、より詳細な説明を見つけることができます。 サンプリング間隔の予期しない値を防ぐために、ナイキスト計算機を使用して間隔を計算できます。
警告を防ぐためにパラメータ値を変更しないでください。 パラメータ値は、単に実際の画像取得条件を記述するだけであることに注意してください。 例えば、アンダーサンプリングに関する警告メッセージが表示された場合、これらのパラメータを変更して回避しても何も得られません。 そうすることで、さらに悪い復元結果が得られる可能性があります。Huygens ソフトウェアでは、デコンボリューションチューニングパラメータは、復元パラメータです。
Huygens のパラメータテンプレート
パラメータの検証後、Huygens の顕微鏡パラメータエディタは、顕微鏡パラメータをテンプレートファイルとして保存する可能性を提供します。 このテンプレートファイルは、同様のタイプのデータで使用できるため、パラメータの調整と確認がより迅速かつ確実になります。 顕微鏡パラメータテンプレートを Workflow Processor で使用して、バッチ処理を容易にすることもできます。 テンプレートファイルには、チャネルラベルパラメータを除くすべての顕微鏡パラメータが含まれます。
保存場所
テンプレートは、拡張子 .hgst の付いたファイルとしてディスクに保存されます。 Huygens 共通テンプレートディレクトリは、Templates という名前で、Huygens インストールディレクトリにあります、つまり、Unix システムでは、-+/usr/local/svi/Templates、Windows+- では、-+C:\Program Files\SVI\Templates、Mac OS X+- では、-+/Applications/SVI/Templates+- です。 ユーザーの個人用テンプレートディレクトリは、-+SVI+- と呼ばれ、ユーザーのホームディレクトリにあります。